在此部电影中，以2248年的地球为背景，因为太阳风暴的影响地球遭遇到了空前的高辐射，山河大地成了人间炼狱，全人类面临着巨大浩劫！后来幸存者被迫进入地下避难所，在能量核心的维系下开始了长眠计划。操控这项计划的是一个名为“长夜之光”的远程程序，两年过后，为了拿到治疗黑羽病的药物，黑羽会首领Mr.Dee上校（丁海峰饰）带领自己的手下，强行闯入了基因药物中心。C40小队队长方毅（任天野饰演）和他的小队成员刘火（王韬饰演）、段依山（程汉饰演）等被人工智能控制系统“长夜之光”唤醒，“长夜之光”命令他们执行一项秘密任务，潜入另一座地下城的药物研究中心，销毁所有的药物和试验数据。然而为了延长自己休眠的权限，C40小队不得不接受这个看似九死一生的艰难任务。
黑羽会得手后，却发现药物早已不见，而两个女孩安然和卓雅，成为了找到药物的关键人物。于是上校派出大量人员，去搜寻两人。
