黑羽会队长MD（丁海峰饰演）带队闯进了研究中心，他们想要夺回最新研制的基因药物，原来在撤进地下城之后基因药物研究中心启动了一项名为“黑羽计划”的研究，为了让人类重回地表生存，这家研究中心一直在研发抗辐射的药物，而黑羽会成员都是这个研究中心的试验品，成了这项计划的牺牲品，他们注射药物之后被研究中心遗弃在了地表上，第一批药物确实对高辐射有很强的免疫作用，但同时副作用也很致命，注射此等药物的人寿命会大幅缩短！多年后研究中心又研发出了没有副作用的特效药，但迟迟没有给黑羽会的人使用，为了能好好的活下去，黑羽会队长MD只能召集人马强攻研究中心！
一边是为了来争夺救命的药，另一边是为了来摧毁这批药，所以这场巅峰对决就打响了
方毅带领的C40小队与黑羽会成员在一番激烈的战斗之后，成功占领了药物研究中心，并按照长夜之光的指令，启动了药物研究中心的自毁程序。C40小队在撤离的路上，遇到了安然，在安然地恳求下，他们切断了与长夜之光的联系，决心去寻找卓雅拿到药物标本。而长夜之光早已摆脱了“人工”的限制，有了自己的意识，它的目的，就是要摧毁药物，让人们无法再重新回到地面生活，从而掌控整个人类。暗地里“长夜之光”私下给刘火的母亲获得休眠舱给成员刘火下达命令，而这个命令，是*死所有人，包括C40小队成员。最终，在临死的MD的帮助下，方毅成功击*了刘火，和安然、卓雅一起，三人重回地面。
作为一部科幻动作电影来说《铁血：生死隧战》，美中不足的是：一、科幻方面，除了开头介绍的太阳风暴爆发，以及人工智能长夜之光，整部影片也就没太多与科幻有关的。二、动作方面，影片中更多的场面，大部分都是枪战。
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