当“我”醒来时，已身处渔家小木屋，两万里海底之旅就此结束，陪伴“我”完成这段奇妙之旅的尼摩船长和鹦鹉螺号则生死未卜。故事戛然而止，疑问仍萦绕在“我”心头：船长是存心把潜艇引入大漩涡的吗？他是生无可恋了吗？还有，船长所做的一切到底为了什么？所有秘密随着鹦鹉螺号沉入了海底。
凡尔纳在小说结尾留下的谜团并不是故弄玄虚，而是因为他和编辑赫泽尔产生了分歧。凡尔纳给尼摩船长定下的人设，是个反抗俄国统治的波兰英雄，妻女也因受到牵连而死去，但赫泽尔考虑到潜在的俄国市场，不愿意冒犯俄国读者，建议把船长塑造成反抗奴隶制的英雄，两人互不退让，那些疑团也就悬而未决。幸好，凡尔纳在续作《神秘岛》中打上了补丁，尼摩船长最终成为了反抗英国暴政的达卡王子，印度民族起义失败后，他建造起鹦鹉螺号，伺机撞沉军舰复仇。
故事讲完了，接下来，我们就从主人公的视角里跳出来，回答一下开始的那个问题：除了科学价值外，《海底两万里》的文学价值具体表现在哪里？
这种文学价值首先表现在小说对人物的塑造上。凡尔纳倾注了大量心血来塑造尼摩船长这个角色。他爱护手下，对仇人却冷酷无情；他声称憎恶人类，但也出手救了主人公和采珠人；妻女的照片一直挂在卧室墙头，念念不忘，但支持他活下去的动力却是仇恨。这种性格复杂的悲情人物很容易出彩，但也会因为内在矛盾而显得逻辑混乱。幸好凡尔纳用复仇英雄这个更大的设定，赋予了他行为和心理活动的合理性，塑造出了一个复杂而令人难忘的船长形象。
凡尔纳在刻意为船长设计了神秘身世的同时，也在故事中留下各种细节，邀请读者一同破解谜题，增加了小说的可读性。比如，前面我们提到，主人公在参观图书馆时发现船长博览群书，可唯独没有政治类的藏书，到最后结合船长的身份就会明白，这是因为他厌烦了政治；还有，船长曾把几箱黄金交给神秘的潜水员，联系他的行为逻辑，想必是在资助某地的革命。凡尔纳做到了自己挖的坑，自己都能填上，先是设置层层悬念，吊起读者的胃口，到最后拨云见日，水落石出。但他又聪明地设下了一个扣，留待续集去解决，这样读者就会继续购买杂志和小说。这些虽然是类型小说的常用手段，但凡尔纳用得纯熟而不落俗套，多年以后看仍然不显得过时。
和灵魂人物尼摩船长比起来，主人公“我”的塑造就平淡了些。主人公和尼摩船长形成了互补又矛盾的关系：主人公是博物学家，船长是天才设计师，两人趣味相投；主人公眷恋大陆，船长憎恶人世，立场的不同才能制造故事冲突，推动情节发展。不仅如此，凡尔纳还把自己的心愿投射到了主人公这个人物上，最明显的表现就是，凡尔纳让主人公替自己圆了他的海底探险梦。
小说中还有两个功能性人物，仆人贡协议和叉鱼能手尼德·兰。贡协议负责插科打诨，调节小说气氛；尼德·兰名字原文是 Ned Land，land 正是大陆的意思，这也暗示他是最坚定的逃跑派，当主人公在去与留的问题上犹豫不决的时候，是尼德·兰加重了“离开”这边的砝码。
