此外，这些小说保留了三教同门的设定，并加入了他们为盘古的转生身份。在这些小说中，太清太上老君（即老子）、玉清元始天尊和上清通天教主统称为盘古三清。这种设定在洪荒流小说中首次出现，后来被其他类似小说采纳，并逐渐成为一种固定的模式。
在《封神演义》中，接引和准提是正面形象，与阐教一起协助破解万仙阵。但在洪荒流小说中，这两位角色的形象有所不同。它们被描绘成为了西方佛教的推动者，采取了各种手段将三教门人引向西方。
在这些小说中，西方的佛陀原本是道家信徒，如来佛祖常被描述成是截教多宝道人在投身西方后的新身份，而玉虚十二仙中的文殊广法天尊成为了后来的文殊菩萨，慈航道人则演变成了观音菩萨，等等。这些设定在网络小说中广泛应用，但对于那些对道家思想和佛教历史不太了解的人来说，可能会引起误解，这也是洪荒流小说受到批评的一个原因。
在洪荒流小说中，除了基于《封神演义》原有人物的创作之外，还引入了许多虚构的人物和历史情节。例如，前面提到的巫妖之战是《佛本是道》中的原创设定，作者将上古神话元素如共工怒触不周山、女娲补天、后羿射日等与原创的故事背景相融合，将女娲设定为妖族族长，拥有招妖幡来召集群妖。这一创作方式将《封神演义》中女娲召群妖的情节与新的故事情节相结合，赋予了整个故事更多合理性和连贯性。
《封神演义》虽然描写的是商周战争和封神之战，但在现代社会，有些情节显得不符合当今的价值观，因此需要加以批评和改写。其中一个典型的情节是"子牙设计收九公"一章。在这一情节中，邓九公在酒后失言，将女儿邓婵玉许嫁给土行孙。
姜子牙随后设计绑架邓婵玉，强迫她与土行孙成婚，以此来收九公，迫使他归顺西岐。在明代的背景下，这样的情节或许可以理解，因为当时的婚姻观念以父母之命、媒妁之言为主导，邓九公既然答应许嫁女儿，那么她就不能再嫁给别人。然而，在现代社会，这种行为被视为不道德，等同于"强娶"。
在洪荒流小说中，一些作者对邓婵玉的遭遇表示同情，并重新创作了她的命运。例如，在小说《主封神我是石矶》中，作者安排主角拯救了邓婵玉；或者将主角穿越为邓婵玉，通过奋斗改变了她的命运，如在《截教小师妹洪荒封神》中所描述的情节。
在洪荒流小说中，一些作者倾向于弱化截教的反面形象，认为其中的一些行为在现代人的观念下可以找到合理的解释。例如，三霄姐妹下山为兄长赵公明报仇的行为，在原作《封神演义》中被视为不顺天命，最终导致她们上了封神榜。
