1.所谓分公司的独立核算，即分公司的收支由分公司单独核算，简单讲就是分公司盈亏自负。独立核算分公司要单独出具财务报表。非独立核算就不用了，要到总公司核算。不论是否是独立核算，都要求单独建账。
2.如果分公司满足如下条件，一般就是独立核算：有权独立开展营业活动、签合同、开发票、开基本户(一般户没问题)。反之就是非独立核算。
3.独立核算与非独立核算，是会计上的定义，税法上没有这个概念。税法上主要看是否是经营性分公司。如果是经营性分公司，一般而言，就地缴纳企业所得税和增值税。如果是非经营性分公司，一般而言，增值税只需要就地做增值税零申报(有的地方不要求做申报)，所得税就不用当地做分摊了。
4.独立核算和经营性分公司没有对等关系，但是，经营性分公司一般都是独立核算，就地缴纳增值税和分摊所得税，非经营性分公司一般是非独立核算，不用就地纳税。【57号文规定，如果是不具有生产经营职能(只从事售后服务、内部研发、仓储)，当地不交增值税的分公司，不就地分摊所得税。】
5.但是税务局依然可以认定你的非独立核算分公司为经营性分公司，进而要求就地纳税。因为，如前所述，是否独立核算是你说了算，但是是否是经营性是税务局结合你的营业范围和实际业务来判定。
6.不管是不是经营性分公司，都需要做税务登记。税种核定的时候，有些地方基于你的经营范围会给你核定各个税种。如果核定了，你就需要做申报。没有业务的话，你就每个月或者季度做零申报。也有的地方不要求。
7.无论是否是经营性分公司，增值税都是做就地申报，所得税都是做汇总申报。区别在于，如果是非经营性分公司，增值税只是零申报，所得税不需要做当地的分配。
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根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定：
以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
(一)不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
(二)上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
(三)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
(四)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
(五)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
根据《财政部国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税〔2012〕9号）规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。具体计算缴纳办法可见财税[2013]74号文《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》的通知。
