随着高通量测序技术的广泛应用，人们对长非编码ＲＮＡ的分析更加准确
从ＲＮＡ发挥功能的不同，又可以将非编码ＲＮＡ简单的分为两类，“管家”ｎｃＲＮＡ和“调节”ｎｃＲＮＡ［２Ｇ】
它们分别在细胞中发挥着不同的作用，比如ｎｃＲＮＡ可以作为酶来催化化学反应、也可以作为大分子间相互作用的桥梁、还可以作为调节丙子指导基因表达、或者作为配体启动相关蛋白质发挥下游的调控作用、甚至作为细胞结构的组成部分
生物大分子的结构是其功能的基础
从组成来看，ＲＮＡ的基本结构』丫Ｌ儿为核糖核苷酸，四种核糖核苷酸分子拥有相同的五碳糖和磷酸基团部分，区别在于碱基部分分为腺嘿呤（Ａｄｅｎｉｎｅ，Ａ）、鸟嘿呤（Ｇｕａｎｉｎｅ，Ｇ）、胞嘧啶（Ｃｙｔｏｓｉｎｅ，Ｃ）和尿嘧啶Ｕｒａｃｉｌ，Ｕ）四种
不同的核苷酸分子按照一定的顺序通过隣酸二酯键首尾相连，组成线性的核酸链称为ＲＮＡ的一级结构
ＲＮＡ中特定的核苷酸之间能通过氢键形成碱基配对，从而使单链的ＲＮＡ部分折叠形成不同类型的平面结构，称为ＲＮＡ的二级结构
除了常见的Ｗａｔｓｏｎ－Ｃｒｉｃｋ配对方式之外ｐ８］，ＫａｒｓｔＨｏｏｇｓｔｅｅｎ发现碱基能扭转一定的角度彼此形成不同的氢键［２９］，我们称之为Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ配对
相比于ＤＮＡ而言，ＲＮＡ的碱基配对方式更加多样，比如ＲＮＡ碱基之间存在摆动配对ＲＮＡ的碱基配对的复杂性也为ＲＮＡ带来多样化的结构，是ＲＮＡ实现各种功能的基础
这些不同的配对方式形成了ＲＮＡ二级结构中几个常见的基本组成，分别是螺旋结构（也叫莖，Ｈｅｌｉｃｅｓ）［３１］、发卡结构（Ｈａｉｒｐｉｎｓ）［３２］、凸环（Ｂｕｌｇｅｓ）［３３］、内环（Ｉｎｔｅｒｎａｌｓ）、多分支环（Ｊｕｎｃｔｉｏｎｓ）等
ＲＮＡ的碱基之间通过氢键配对形成双链称为茎，剩下的未配对的部分称为环也就是ｌｏｏｐ区，其中凸环和内环分别是ＲＮＡ螺旋结构的其中一条和两条链出现未配对的ｌｏｏｐ区域而形成的
与ＤＮＡ最大的不同是，ＲＮＡ的基本结构单元核糖核苷酸在五碳糖２’的位置多了一个羟基，除此之外双链的ＲＮＡ与ＤＮＡ结构十分相似
单链ＲＮＡ自身对折配对形成一部分垄与中间是ｌｏｏｐ的结构通常称为ＲＮＡ的发卡结构
而多分支环则是由不连续的多个茎环的连接处形成的类似于四通路一样的复杂结构，多出现在ｔＲＮＡ中
