在农村常见的鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等富含氮、磷、钾等养分，而且还富含有机质。这些粪便是改良土壤，肥沃土壤的优质有机肥资源。但是，如果直接使用新鲜粪便的话，会产生伤根、病害、草害等不良影响。
很多苗农会选择传统的方法，自然堆沤发酵这些粪便，但是传统方法中存在不可避免的负面影响。
传统的堆沤发酵粪便，堆沤时间长，一般需要4-6个月，如果气温比较低，那么堆沤的时间更长，而且发酵的效果十分不理想；堆沤需要长时间占据一块地方，对周围的环境也会造成一定的污染，特别是高温季节，堆沤制造出的气味很难闻；堆沤的粪便呈湿烂状，还会散发恶臭，运输起来很困难，而且自然堆沤发酵的粪便里面藏着病原菌和虫卵等有害物质，如果施加于苗木，会影响苗木的生长。
除了自然堆沤发酵，还有一种更好的发酵家畜粪便的方法就是益生菌发酵。
益生菌中含有大量的功能性菌群，如光合细菌、酵母菌、乳酸菌等，这些菌群还有代谢产物，这些代谢产物能够起到加速分解转化粪便物质的作用，提高粪便发酵转化率，缩短发酵时间，提高发酵效果，减少甚至消除粪便在发酵过程中散发恶臭的问题，也能够有效减少环境污染问题，最最重要的是益生菌能够*死或者抑制粪便中病原菌和虫卵的生长和繁殖，可以说是百利无害。
下面，小木为大家介绍一种益生菌发酵粪便的方法，仅供参考。（按照1吨原料配比）
第一步制作益生菌激活液。益生菌原液和营养剂与水的比例为1:1：8，配制出10公斤的益生菌激活液，取出5公斤留使用。具体配置方法为：先用少量热水把1公斤营养剂融化，然后加凉水将温度降低到30-35℃，接着倒入益生菌原液1公斤，加足水量后均匀搅拌；
第二步制作"混合稀释液"。这一步是把上一步取出的5公斤益生菌激活液倒入100-150公斤的水中，用水量由原料的干湿程度决定（控制堆制时含水量在40-50％就行了），注意倒入的水温不能超过30℃；
第三步是把1吨的粪便原料和秸秆等配料以及腐殖质混合均匀，直接在地面堆制，一般堆成梯形，高度最好不要超过1.5米，堆底宽度不要超过5米，然后喷洒益生菌"混合稀释液"，均匀搅拌，这个时候要控制含水量40-50％。接着就进行几天的好氧发酵，等到料温达到40-50℃（夏天一般2-3天可到达，春秋天一般5天左右），温度到达后堆垛压实，用塑料布或防雨布密封（布料周围要压实防漏气，否则影响质量），然后进行厌氧发酵。
第四步倒堆。因为粪堆表面和堆内温度不同，发酵腐熟程度也不同，应该适时倒堆。倒堆次数与堆内温度密切相关，一般从堆制开始，当堆内温度达到60-65℃时，应该严格控制温度，当堆内温度超过70℃时，应及时进行补水倒堆，而当堆内温度不足40℃时，应进行倒堆降低水分，倒堆次数一般不低于2次。发酵时最适宜温度是25-35℃。发酵好的堆肥有曲香味不臭，如果到了这种标准就说明发酵好了。
