本研究利用生物信息学分析手段,对显性基因Psy2及隐性基因psy2-2(简称psy2)编码蛋白的结构、功能和理化性质进行分析,进一步明确该候选基因的抗性功能。
另外,我们构建了Psy2基因的RNAi表达载体,并对转基因效果进行分析,为深入研究其抗性功能提供参考。
材料与方法实验所需供试材料为玉米HiⅡ的杂交F1代种子,在授粉后9~14d取幼穗,剥幼胚(大小约1.2~2mm)作为转基因受体材料。
接着我们通过PCR扩增手段,得到Psy2基因的DNA序列,经NCBI数据库查询,得到编码蛋白的结构域、不同剪切长度的转录本和基因组中的同源基因。
再采用DNAMAN分析软件,对蛋白、转录本、基因DNA序列进行同源性比对,确定该基因在染色体中的位置和拷贝数。
利用多种序列分析软件和生物信息学数据库,对该基因的编码蛋白进行结构、理化特性分析及功能预测。
采用生物信息数据库SMART,进行蛋白功能域预测;利用ProParam,进行蛋白理化性质分析;利用蛋白质功能位点数据库Prosite,进行蛋白功能位点预测。
利用SignalP4.1,进行蛋白信号肽预测;利用TMHMM-2.0,进行蛋白跨膜结构域预测;利用ProtCompv.9.0和PSORT,进行蛋白亚细胞定位预测。