光合作用基因用过程中的各个环节和调控层次，包括光合色素合成、光合蛋白的合成和组装，以及相关酶的调控等。光合作用基因调控网络的建立和调节机制受到多种因素的影响。
首先，光信号起着重要的作用。不同波长和强度的光信号可以通过光受体感知和传导途径，调控光合作用基因的表达和功能。例如，红光和蓝光信号对光合作用基因的表达具有重要影响，红光信号通常用于促进光合作用基因的表达，而蓝光信号则可以激活或抑制光合作用基因的转录。
其次，转录调控因子在光合作用基因调控网络中发挥重要作用。转录调控因子可以与基因启动子结合，激活或抑制基因的转录。例如，转录因子HY5（长水稻属下的一个突触蛋白）被发现在光信号下调节光合作用基因的表达。此外，一些激素响应元件和逆境响应元件也能够与转录调控因子相互作用，调控光合作用基因的表达。
此外，非编码RNA（non-coding RNA）也参与光合作用基因调控网络的调节。非编码RNA是一类不编码蛋白质的RNA分子，它们可以与DNA、mRNA或蛋白质相互作用，影响基因的表达和功能。研究发现，一些非编码RNA在光合作用调控中发挥重要作用，调节光合作用基因的表达和转录。
最后，光合作用基因调控网络的建立和调节还受到其他调控因子的影响，如环境因子和植物内部的生理状态。环境因子，如温度、水分和营养等，可以影响光合作用基因的表达和调控。植物内部的生理状态，如生长发育阶段和激素水平，也可以调节光合作用基因的表达和功能。
光合作用不仅涉及能量的转化，还涉及光合产物的分配与利用。植物需要将光合产物，如葡萄糖和有机酸等，分配到不同的组织和器官中，以满足生长发育和代谢需求。在这一过程中，植物通过调控光合产物的合成、运输和分配来实现对能量和物质的合理利用。
