这一节补充之前的MD教程(此处可链接),增加提取键角的脚本。
这一节内容如下:提取 温度,能量,键长,键角,以及使用matplotlib绘图
MD计算完成后,我们需要OSZICAR,XDATCAR这两个文件来提取数据
步数、温度、能量
1.1 提取步数、温度、能量的脚本命令如下
(这里取名为get-temp-energy.sh),直接运行如下命令:
grep T= OSZICAR|awk '{print $1"\t", $3, "\t" $5}' >result.dat
或者运行命令 sh get-temp-energy.sh
产生result.dat
1.2. 绘图,可以使用脚本
plt-Energy.py, plt-Temperature.py 绘图,或者读者将result.dat拿到origin绘图。
键长、键角
2.1 键长
运行命令 python MD-bond.py 产生bond.dat
2.2 键角
运行命令 python MD-angle.py 产生angle.dat
2.3 使用脚本plt-bond.py 绘图 bond.dat
2.4 参数
其中MD-bond.py 中 b1,b2是第一、二个原子的序号(两个原子之间的键长)
MD-angle.py 中 b1,b2, b3 是第一、二、三个原子的序号(三个原子夹角)
结果
脚本获取
链接: https://pan.baidu.com/s/1sBJykv7oLJx1fUz0-E4xCA
提取码: 6x24
尾巴
下一节可能会在python入门系列中讲这些脚本的算法逻辑。
拿脚本之前,请留下你的小手手
再走罢