键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系

首页 > 实用技巧 > 作者:YD1662023-10-31 18:06:40

这一节补充之前的MD教程(此处可链接),增加提取键角的脚本。

这一节内容如下:提取 温度,能量,键长,键角,以及使用matplotlib绘图

MD计算完成后,我们需要OSZICAR,XDATCAR这两个文件来提取数据

步数、温度、能量

1.1 提取步数、温度、能量的脚本命令如下

(这里取名为get-temp-energy.sh),直接运行如下命令:

grep T= OSZICAR|awk '{print $1"\t", $3, "\t" $5}' >result.dat

或者运行命令 sh get-temp-energy.sh

产生result.dat

1.2. 绘图,可以使用脚本

plt-Energy.py, plt-Temperature.py 绘图,或者读者将result.dat拿到origin绘图。

键长、键角

2.1 键长

运行命令 python MD-bond.py 产生bond.dat

2.2 键角

运行命令 python MD-angle.py 产生angle.dat

2.3 使用脚本plt-bond.py 绘图 bond.dat

2.4 参数

其中MD-bond.py 中 b1,b2是第一、二个原子的序号(两个原子之间的键长)

MD-angle.py 中 b1,b2, b3 是第一、二、三个原子的序号(三个原子夹角)

结果

键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系(1)

键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系(2)

键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系(3)

键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系(4)

脚本获取

链接: https://pan.baidu.com/s/1sBJykv7oLJx1fUz0-E4xCA

提取码: 6x24

尾巴

下一节可能会在python入门系列中讲这些脚本的算法逻辑。

拿脚本之前,请留下你的小手手

键长键能键角由什么决定,键能键长键角三者的关系(5)

再走罢

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