两种构建体的RAR1蛋白累积水平类似。
还有转录因子W40和W18.
此外，与使用嵌合分子进行相互作用见得的其它方法类似，蛋白质融合的极性显示出对上述的互作有影响。
在Y2H测定中，小麦（Triticum aestivum）Sr50抗锈蛋白还与相应的小麦茎锈病（P.graminis f.sp.tritici）病原体配体AvrSr50相互作用（Ortiz等人，2022）。GAL4与Sr50蛋白的N末端融合并不能完全阻止其功能，尽管GAL结构域有可能阻断该CC-NLR蛋白的N端α-1螺旋的假定成孔功能（Wang等人，2019；Wang等人，2020）。这种残留的Sr50活性可能是由于N-末端融合结构域的一些部分切割释放了少量的功能蛋白。GAL4/Sr50与VP16AvrSr50的共表达激活了本氏N.benthamiana叶片中的细胞死亡信号，并且当UAS-RUBY也存在时，这种细胞死亡阻止了甜菜碱色素的积累（图4b，渗透位点3）。
Sr27和AvrSr27之间的互作检测由小麦Sr27 CC-NLR蛋白和YFP组成的融合蛋白（Sr27/YFP）在与由相应的AvrSr27基因座编码的三种效应变体中的任何一种共同表达时激活细胞死亡反应（作为YFP-AvrSr27融合）。然而，与Sr50不同的是，当GAL4 DNA结合结构域融合到Sr27的N末端时，在与AvrSr27共表达时，明显的防御反应没有被激活，从而使这些蛋白质适合于用分裂的GAL4 RUBY测定进行测试，而无需进一步的R蛋白修饰。
使用分裂的GAL4-RUBY测定法，通过显著的甜菜碱积累在GAL4/Sr27和VP16/AvrSr27-1之间检测到PPI。当用VP16/AvrSr27-2或VP16/AvrSr27-3测试GAL4/Sr27时，Betalain也在分裂的GAL4-RUBY测定中积累。然而，与VP16/AvrSr27-1相比，与后两种效应物相关的甜菜碱积累明显减少。这三种AvrSr27蛋白在本氏N.benthamiana叶组织中的积累没有观察到差异。值得注意的是，在Y2H测定中，未检测到该抗性蛋白与三种真菌效应蛋白之间的相互作用。
