优化结束后，会在Project Explorer中创建了一个新目录Sketch 1 Disco Min，当任务完成时，最小化的结构会被存放到这个新目录下。
(2)动力学模拟
用Discover模块中的Dynamics对体系进行平衡计算，打开Discover Molecular Dynamics对话框，下图所示。Ensemble(系综)下拉列表选择NPT，Temperature为298K，温度控制方法选择为Nose，压力为0.0001Gpa，压力控制方法为Berendsen，步数设为10000，时间步长为1fs，Save下拉列表中选择Full，Frame output every处设为200steps(每200步输出一次体系构型文件)。点击Run开始运行，运行结束后会自动产生一个Sketch 1 Disco Dynamics文件夹，里面包含Sketch 1.xtd文档。
3.进行水分子径向分布函数及扩散系数分析
激活Sketch 1 Disco Dynamics文件夹里面的Sketch 1.xtd文档，按住Alt键双击其中一个H原子即选中所有水分子中的H，在菜单栏Edit下拉菜单中选Edit Sets，打开Edit Sets对话框，按New按钮将所有H原子命名为H；用同样的方法将体系中的O原子命名为O；按Ctrl A选中所有水分子命名为H2O。设置完成后，就可以对水分子进行分析了。
(1)径向分布函数
在工具栏Discover下拉列表选择Analysis，打开Discover Analysis对话框。在窗口菜单中选中Structural目录下的Pair correlation function（径向分布函数），点击按钮Define，打开Trajectory Specification(Discover)对话框，点击Add to list，添加命名后的水分子轨迹文件，关闭对话框。回到Discover Analysis，在Choose sets中在第一个下拉框选择H，第二个下拉框选择O，如下图所示。设置完成后，点击Analyze按钮开始进行分析。
运行结束后会自动产生一个Sketch 1 Disco Pair correlation function文件夹，激活该目录下的Sketch 1.xcd文档。可以看到图中有九条g(r)曲线，其中aa、ab、bb分别表示H-H、H-O、O-O；total、intra、inter分别表示分子内和分子间总的g(r)、分子内g(r)、分子间g(r)。右击图像，在快捷菜单中选择Delete Graphs，选中所有total和intra项，点击Delete。剩下的就是分子间H-H、H-O、O-O的径向分布函数，如下图。
