而从第五部剧场版开始，电影进入新的模式，有独立的舞台（取景地），相对独立的故事，逐步与TV动画脱离，但依旧与动画保持一定联系，如《波导的勇者》中小智保留了动画中的回忆，小光在剧场版中购买的物品在动画中依然出现等。
到了20周年剧场版《就决定是你了！》之后，电影完全走向了“平行世界”，剧场版中的小智不再是动画同时期的小智，电影中的人物也大多是原创角色。
除此之外，TV动画本身也在做着“去现实世界化”的倾向。早期的动画和动画，完全以现实世界为蓝本，出现大量的现实世界设定。如梦幻设定在南美的圭亚那，动画中出现了香榭丽舍大道、好莱坞、意大利这种现实世界的国家和场景。
在后世代中，这些现实世界的概念一再被淡化，直到消失。五世代后，动画专门推出了“宝可梦文字”，替代现实世界的文字，动画中的宝可梦世界逐渐成为一个脱离现实的乌托邦世界。
一方面，《宝可梦》TV动画题材上朝着全年龄向道路发展，另一方面，动画本身开始深度参与宝可梦的商业活动。TV动画本身成为宝可梦重要的宣传和新人入口，而作为TV动画衍生品的电影又与游戏中的传说宝可梦深度绑定，为宝可梦的宣传推广立下汗马功劳。
而在宝可梦商业版图不断拓展的同时，TV动画也引来一些老玩家的议论——长年走全年龄向的TV动画，显然不能满足这些玩家的需求。永远10岁的小智，在成为动画新一阶段象征的同时，也在遭到“每到新地区都要失忆/洗级”的调侃，直到今天。
