同时，早期动画中的一些伏笔和编剧挖的“坑”也在这一过程中被刻意“遗忘”了。诸如无印篇动画开场中关于凤王的传说，以及橘子群岛篇的核心“GS球”（后来成为一部独立剧场版）在TV动画中都不再被提及。同时舍弃原案也换来了一段时期之内相对稳定、与游戏同步的动画日常模式，一直持续到了后面的《宝可梦：X/Y》。
《宝可梦》动画取得成功并常态化之后，也并不是一帆风顺。
1997年的“多边兽事件”（即大家耳熟能详的3D龙事件）不仅是《宝可梦》动画的一大挫折，更是动画/游戏行业的一大挫折。动画频繁使用红蓝色交替的闪光引发光敏性癫痫症，最终导致685人入院，让作品背上了沉重的舆论包袱。
2011年等离子团原定于《宝可梦 超级愿望》23集登场，但因“3.11大地震”发生且本集同样存在城市被破坏的场面。动画制作组经过权衡无限期推迟了本集，并打乱了整部动画的顺序，最终导致《超级愿望》篇动画主线故事的推迟。
在这些挫折外，恐怕最令官方在意的就是可能影响业绩的“竞品威胁”。
第六世代游戏《宝可梦：X/Y》的情况是否算是第一次“中年危机”暂且不论，但是与之相对应的《宝可梦》动画确实是少数几次遭受到竞品威胁的情况之一。
此前同赛道作品，诸如《数码宝贝》等均在人气、收视率和影响力相差较大，未能形成实质性威胁。而《宝可梦：X/Y》遭遇到风头正劲的《妖怪手表》，后者在游戏销量在掌机平台上的2年中实现了千万突破，而动画收视率甚至一度反超《宝可梦》，且地缚喵成为东京奥运会的大使，当年确有分庭抗礼之势。
尽管《宝可梦：X/Y》在美术上已经做了最大的努力，除了三维建模之外，还将战斗中的背景动态化，甚至有意无意地给予一些男女主角情感暗示，而这些都未能彻底解决竞品威胁问题，更没有让作品在结尾摆脱争议。
《宝可梦：X/Y》在结尾处采取和前代一样的“套路性”结尾——小智遗憾错失冠军，女主角莎莉娜和前代主角一样离开了小智，使得前期铺垫的“夺冠”和“角色配对”几乎完全作废。
结果一石引起千层浪，引发全球观众的愤怒，Youtube官方频道下突然增加数万条谩骂评论，推特上甚至用几十国语言辱骂编剧。
而藤田伸三（《宝可梦：XY》动画决赛编剧）的日文维基百科被观众们修改为“在小智获得亚军后在家中去世”，甚至在国际互联网上掀起一股“烧宝可梦周边”的热潮，虽然大多数有夸张的成分，但是全球观众出离愤怒却是事实……
