在橘子群岛旅行时，小刚因为内木博士及其助手不会照顾自己而留下来帮她们料理家务。后来却不知道发生了什么，小刚独自一人回到了关都地区，并晕倒在去真新镇的路上，最后被小智妈妈给带回了家。从此，小刚对那段过往闭口不提，一旦被问起或者听到了内木博士的名字，就立刻出现那副鬼样子，口中还不断念叨着不要再问我了。小霞猜想小刚可能是因为受到了失恋的打击，可是小刚这个一路都在收到好人卡的失恋狂魔怎么可能就这样被轻易打击到呢？这也着实令人好奇他的身上究竟发生了什么。
3、GS球的秘密
GS球是一个神秘的精灵球，它里面装着什么也没有人知道。最初它在南国的内木博士手中，但她研究了许久也研究不出什么所以然来，因此交由小智让他将GS球带给大木博士去研究，可是资深研究者大木博士对于这可精灵球也研究不出什么答案，便让小智把它带去给精灵球制作大师钢铁先生，不过钢铁先生也是毫无头绪。最后，GS球就留在了钢铁先生那里，关于它的秘密也就石沉大海，再也没有被提及。
4、小智的父亲
小智的父亲一直都是一个很神秘的人物，从未出场过，只是从小智母亲的口中得知他是一位宝可梦训练家，而且应该还是一位蛮厉害的训练家。除此之外，再也没有关于小智父亲的相关信息，小智也从未提及过他父亲的事情，甚至连小智家里的照片中都没有他父亲的身影。因此，小智的父亲极有可能在小智没有出生或者小智还特别小的时候就过世了。再不然就是在外旅行，进行着苦行僧般的训练。
5、达克多的剩余四只精灵球
在神奥联盟铃兰大会中出现了一位神秘的神兽男达克多，从比赛开始，他统共就只派出过一只达克莱伊，知道在准决赛遇上了小智，他才派出了他的第二只宝可梦拉帝欧斯。最后他凭借这两只宝可梦将小智的六只全部干掉了成功进入决赛，至于他剩余的四只宝可梦是什么就不得而知了，会不会也是神兽呢？天知道。
6、谜拟Q的秘密
