明清时期是皇权高度集中的两个朝代，明初朱元璋废除丞相制度以后，由皇帝直接指挥六部行政，这是皇权专制制度的极端发展。但不久，又形成了内阁制度，至明中叶以后，由于皇帝怠政等情况的出现，内阁和司礼监这两个机构又稀释了一部分皇权。因而，明代出现了大学士、太监专权的现象。
清代的君主制相比明代又有所突破，皇帝集权程度超越历朝历代，皇帝成了不受约束的最高统治者。下面就清代中央集权问题进行一番分析，大致有以下几个方面。
一，皇帝真正行使对内阁所办理题本的批红权即审批权
内阁是宰相级机构，其重要职权是协助皇帝办理题本——票拟，皇帝真正行使对内阁票拟题本的批红权，是清代皇帝真正使内阁大学士成为其秘书、不具宰相权的主要体现。
明中叶以后的皇帝多怠政，素质也较低，于是出现两种情况：或者不能对票拟作出取舍之判断，或者将批红权交与太监，皇权并没有得到充分体现。
清代皇帝对内阁票拟的题本，件件审阅，对票签所拟意见，既有同意者，也有不同意者。从实录记载中经常可以见到皇帝对内阁票拟刑案、官员任选意见的否定，从折本的处理上，也可见皇帝对内阁票拟的题本件件审批。
因此，明清两代虽然都不设宰相，实行内阁制。但实际上，明代在相当长时期内，只是体现为制度上的皇权专制，而没有落实，制度上高度专制的皇权常常由大学士、太监在行使，没有形成实际上皇帝的皇权专制。而清代，由于皇帝勤政，行政素质也较高，亲自阅读题本，斟酌票拟而作取舍，不假手他人批红，大学士仅作为秘书，太监无从插手，真正实现了废丞相制度后，从制度到实际上的高度皇权专制。
二，实行奏折制度
奏折，是中央、地方重要官员直接向皇帝报告、请示政务的公文。其特点是：
1，奏折直交皇帝，不像题本经内阁。皇帝通过奏折直接而且主动掌握对政务的处理权，而不是接受题本的票拟被动处理。这样，如何处理，是处理还是留中不公布不处理，全由皇帝掌握。
2，保密。皇帝不公布，大学士等官员无从了解。不同于题本，经通政司、内阁，容易泄密，官员提前采取应对办法，皇帝再处理就棘手了。
3，折奏人都与皇帝单线秘密联系，造成官员之间互相忌讳，减少了他们联合欺上瞒下的机会，便于皇帝控制。
所以，奏折制度的实行，实现了清代皇帝对机要政务的主动处理权，以及对高级官员的直接指挥和驾驭，这是清代皇权专制制度发展的重要体现。
三，设立军机处
军机大臣均为兼职，充任军机大臣者由皇帝自主挑选。军机大臣职掌，由皇帝交办，所办理或商议之事务，均有皇帝最终决定。所以，军机大臣和大学士一样，仍然是秘书，无独立权力。军机处的具体职掌如下：
1，协助处理奏折。皇帝将奏折拆阅后，视情况而将应交军机处协办的奏折，于每日清晨交内奏事处太监，转交军机处，军机大臣阅看，称为“接折”，凡奉朱批“另有旨”、“即有旨”及未奉朱批者，皆带至御前候旨。有旨议复者，提出建议供皇帝裁决参考，或将意见草拟于奏片，呈递裁决。
若需发布长篇谕旨，皇帝口授军机大臣，令其退署草拟，以明发廷寄方式办理。应同折发抄者，封交内阁转抄，或转发具奏人。凡发抄者，交内阁中书领回，由汉票签处传部院抄行。其未奉朱批之折，即以原折发抄。部院之折，多由奏事处交部院送折者领回。凡军机处交由内阁传抄者，均谓之“阁抄”。发回地方官职批折，原系专差递送，由军机处封交奏事处转给专人带回，由驿递送京者，由军机处封交兵部捷报处递往。
