2，为皇帝撰拟并颁布谕旨。皇帝主动特降者为“谕”，因官员奏请而降者为“旨”，或有因奏请而广示中外者，也称为“谕”。军机大臣奉皇帝谕旨，退而撰拟，后来改由军机大臣转达军机章京拟写，军机大臣审定。
凡草拟之谕旨，皆呈皇帝审阅，批改后发出。其明发者，下发内阁，谕，称内阁奉上谕，旨，称内阁奉旨。不交内阁明发，由军机处密封交兵部捷报处递往外官者，称为“廷寄”。皇帝在外地，寄往京城官员的谕旨，也称廷寄。
3，协助皇帝处理折本。处理折本的谕旨，成为明发内阁所奉谕旨的内容之一。
4，参与官员选任。这是乾隆中期以后军机处重要职掌。负责为皇帝选任官员提供名单、情况，由皇帝挑选，确定人选。所选任者，主要是中级以上官员。凡请旨缺，京官，文职大学士以下至京堂，武职御前大臣以下至八旗各营统领，外任将军、督抚、藩臬，盐运使，道、府中之请旨缺，缺出，军机大臣提供应选者名单，备皇帝简任。凡记名而备用某缺者，缺出，军机大臣将记名人员名单呈递，以备简放。
军机处设于近御之处，可以随时召见、任使军机大臣，便于皇权行使。另外，军机章京夜值，以便皇帝处理紧急事件，主要是军务。
军机处重点处理机要政务，一般例行公务仍由内阁处理，内阁与军机处长期并存，有分工作用。军机处设立后，内阁也不是清闲衙门，仍有大量政务，只是例行公务。其机要政务，由皇帝划归军机处大臣协助办理。这与清代皇帝乾纲独揽、需要处理的政务较明代繁多（边疆事务、八旗事务，人口倍增造成的社会问题等）有关。所以，军机处的设立及其与内阁并存，也体现了清代皇帝利用军机处重点专断机要大政的特点。
军机处有内阁分局之称，也可以说是内阁处理机要政务的分出机构。军机处分割内阁撰拟上谕等职掌，但并非削弱内阁大学士权力，因为内阁大学士又任军机大臣、领班军机大臣，在军机处设立至清亡这一百八十余年中，除同治元年至十年、光绪二十一年至二十三年这十几年之外，大学士常年在军机处任军机大臣者，少则一二名，多则三四名。大学士在内阁、军机处两处有职，实际上权力增大了。
军机处虽总掌军国要政，但非真正衙署，军机大臣是兼职而非专官，职掌亦非国家法定专职，军机大臣之任用与否，都掌握在皇帝手中，因而军机大臣虽参与机要密务，但仍无往代王朝宰相之权。
四，在官员任用上采取集权
清代对高级官员的选任，废除明代的会推制，而由吏部将有资格者全部开列，提供皇帝圈定。凡差职：会试、顺天乡试主考官，殿试等阅卷官，各省学政，关差由内务府人员选补者，缺出，亦开列名单，供皇帝选派。边疆民族地区例应定期轮驻之大臣，军机大臣提供有关情况，以备皇帝更、调。中级官员实行的是引见制，由皇帝决定是否任命，或是提出任命其他人。
五，勤政、乾纲独断
清代皇帝以勤政为帝王行使皇权的家法，办理政务事无巨细、乾纲独断。尤其是亲自处理题本、奏折。康熙皇帝几乎天天御门听政，雍正后至清末，皇帝每日与军机大臣办理机要政务，因而军机大臣须每日进宫，以待皇帝召见。
六，君臣关系呈主奴性
清代由于带入满族落后的奴隶制因素，君是主子、臣下是奴才，臣下对皇帝俯首服从。因而清代犯颜抗争、指责皇帝过失、廷谏的情况极少。大多唯唯诺诺，少刚直、节操之臣。明代集体进谏、抗旨的现象，清代不再出现。
七，严厉制约太监、外戚，制裁、打击擅权之外戚，维护皇权的专制性
清代宫中设内、外奏事处，外官官员只能与外奏事处人员发生联系，不得与内奏事处太监接触，以防止皇帝身边的太监与外官勾结。并严惩泄密太监，违反者杖毙。
清代不摒弃外戚而且利用外戚辅政，但管束非常严厉，如外戚权臣索额图、明珠、年羹尧、隆科多，都因结党、擅权或违背皇帝意志而被严厉惩处，甚至处死。此外，清代也没有发生往代宦官、外戚乱政乃至挟制皇帝的现象。
