达尔文的进化理论自诞生以来，一直受到来自各方的质疑，有的来自宗教界，也有的来自科学界。宗教方面利用这种进化理论中的缺陷来否定生物进化的理念，学术界在生物的进化机制方面也远没有取得共识。
达尔文的进化论认为：生物进化是通过“变异”和“自然选择”，其中“变异”是随机发生的，进化方向由“自然选择”来主导。
这种进化理论告诉人们，生物进化是通过有益变异的不断积累取得的。有人就有这样的疑问，如何保证有益的变异一定会出现，如果不出现怎么办，而在有益变异发生的同时还会有更多的有害变异的出现，这些有害变异如何消除。
数学家提出，从数学理论的角度出发，随机变异的说法是说不通的。由随机性变异导致进化的说法要使人相信：地球上所以有生命，是因为有一长串顺序而不大可能发生的事情刚巧在适当的时候发生，结果生命就进化了。
选择好像抽奖，但是，一度“中彩”或数度幸运降临，并不能创造出（或产生出）一个复杂的适应。一个复杂的适应结构或适应的机能需要无数相关的遗传变异的积累，而无数次连续“中彩”的机会几乎等于零。地球上所有生命，是因为“有一长串顺序而不大可能发生的事情刚巧在适当的时候发生， 我们仿佛连续一百万次中了百万元彩票一样，结果我们就出现了”。
从现代科学的角度看，达尔文进化学说实际是一大堆假设，诸如随机变异或选择程度。达尔文提出进化论的时候，科学上对于活细胞的惊人复杂程度，不是所知甚少，而是一无所知。那时基因、DNA还都躲藏在看不见、摸不着的微观世界里，甚至是人们的想象力都无法到达的地方。达尔文完全不明白生物在分子层面的精密程度，以为细胞非常简单，很容易从无生命的物质演化而来。
由于达尔文进化论存在的问题，它的说服力大打折扣，关于生物进化是否进化的争论一直没有停歇下来。
那么，为什么达尔文的进化论在很长时间里被作为主流的进化论。
生物是在不断进化的，这是学术界公认的事实。然而，生物究竟如何进化的，这个一直没有达成共识。在一段时间里，有些人认为达尔文的进化论似乎更好用一些，所以被作为主流进化论。
达尔文的进化学说之所以长期流行，还有一个重要原因，有人担心这种理论一旦被否定，将会颠覆科学和人类理性的大厦。如果达尔文的进化理论占不住脚，宗教的创造论就要卷土重来，维持进化论是一项科学的难题，尽管达尔文进化论还有这样那样的问题，但也要硬着头皮撑着。
长期以来，关于对推动生物进化的原因和机制存在很多争议，实际上进化的驱动因素、方向、适应的原因等直到今天还不能被说清楚。存不存在驱动进化的生物内在机制，环境在生物进化的过程中究竟起什么作用，内因和外因之间有没有关联，如何关联等等，与进化相关的很多问题还需要通过科学研究去搞清楚。
生物究竟如何进化，这个问题最终要通过分子生物学的研究去解决。
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