如果，我们将无线电的控制权给了弗兰克，帮助他完成了当年没能实现的任务。那么弗兰克就会帮助我们找到一名叫维罗妮卡的医生，她知道GRE数据库的位置。
然而很气的是，如果我们选择帮治安者，领袖杰克却告诉我他们还在找寻线索，在此期间，主角还要去帮治安者修补天线扩大广播范围。刚修补完天线回到行动基地，就看到胡安，因为被杰克调查出和叛军上校通话，认为他里通外敌将其吊死，胡安死之前的一番话让我们对杰克产生了怀疑。如果电台给的是胡安，那么我们就会帮助胡安得知了杰克的阴谋。当初就是为了妹妹的下落，主角才决定帮助杰克。为此我们感觉被耍了，但是为了大局不得不继续合作。所幸我们当了好久的工具人后，终于联系上了维罗妮卡。在她的带领下我们来到了数据库，可米娅的信息一点都没有。只有华尔兹和主角自己的信息，显示主角自己在实验中展现出极其出色的数据，而X13是一切实验的源头。
看起来最终的线索都指向了X13，就在这时，华尔兹来到了此地争夺GRE钥匙，两人再次爆发了交手。主角在后期在不断注射抑制剂后，力量会不断变强，但对变异的抵抗越发薄弱。在激战中他体内的力量再次被激活，陷入了狂暴状态。不分敌我的甚至误*了维罗妮卡，在恢复理智后主角质问华尔兹真相。然而华尔兹告诉他一切都太迟了，不知道从何而来的导弹来袭，将部分城市的高楼化为废墟。
叛军首领威廉姆斯上校在此刻向生存者发起了沟通，告诉我们将面临更多的导弹袭击。我们以为是叛军发射了导弹，以此向我们威胁和谈判。而之后甚至叛军对生存者发起了攻击。
前面无线电归属选择，会改变这里的局面。如果选择给治安者，弗兰克就会死于叛军对鱼眼餐厅的围攻。如果选择给夜行者领导的生存者们，弗兰克决定与杰克和胡安一起和上校谈判。结果派来接他们的叛军，却用毒箭射倒了弗兰克，居然是一场鸿门宴，这时我们可以选择留下来救弗兰克还是去追逐叛军的车。
如果我们选择去追逐叛军的车，弗兰克就会死亡。如果留下来帮助弗兰克，我们经过药剂师的帮忙提炼出了解药，最终救下了他。
因为药剂师的帮助，我们得知了这毒箭不是叛军的，射伤弗兰克的另有其人。为了得知这一切的原委，我们决定去和上校谈判。
前面无线电的归属，同样会影响这里。如果选择给生存者，这里我们会单枪匹马和上校对峙。如果选择帮治安者，为了给养大她的弗兰克报仇，拉万和我们一同进入威胁上校。
总之无论前面三个怎么选，我们都会去直面上校。
