不过这几代的剧情里和司马懿演对手戏最多的还是诸葛亮，而且因为五丈原常常作为游戏中的最后一关，所以司马懿经常以大boss身份出场，有关他的各种段子也被做进了游戏。像五丈原挑衅司马懿以及死诸葛吓跑生仲达的剧情都有出现，尤其二三代因为即时演算中的角色以玩家自己选择的角色为准，于是可以玩出全员挑衅司马懿的剧情，简直是轮流处刑了，配合泷下毅先生那极其洗脑的笑声显得非常喜感，于是司马懿还在无双大蛇里和同样喜欢喷人的伊达政宗还组成了搞笑CP。
我骂我自己
最惨的是353M的列传模式里，每个角色都有一关生涯的代表战役，多数人都是自己最光辉的一战，例如赵云是长坂坡，黄盖是苦肉计，而司马懿选取的却是上方谷，简直和选了华容道的曹老板有得一比......
而到了制作人员放飞自我的五代里，司马懿真的叛变了，还在剧情的最后亲手*了曹操，司马懿终于完成了自己在游戏里多年以来的愿望。只是这段剧情马上在日本方面炎上了，玩家痛批暗荣你丫这不是扯淡吗。另外司马懿的结局也比较有意思，司马昭对司马懿说司马家的天下安泰了，司马懿骂他蠢材，说不是有自己的血脉就可以轻松统治天下，必须磨炼出与之相匹的才能，让人一下子想到了历史上的西晋。
到了后来的特别版里司马懿在曹丕的剧情里又再次造反了，不过这次造反失败被曹丕抓了，随后曹丕宽宏大度地原谅了司马懿，俩人又过上了没羞没臊的生活。
