同年5月，日本自卫队与红眼的战争全面爆发，白盐化症候群再度扩大，整个日本陷入到感染当中。
2009年，“新宿毁灭作战”实行。同年8月6日在美国的协助下，对新宿进行核打击。因为日期与二战时日本的广岛遭受核打击的日期相同，因此此次行动也被称为“广岛悲剧再临”。
2010年，日本官方宣称已经完全消灭掉了日本国内的怪物。但核打击却让白盐化症候群扩大到了日本以外的国家。
同年，日本政府对“龙”的尸体研究证实了“多元世界说”的真实性，也确定了造成白盐化的原因正是龙与巨人身上的粒子，这个粒子被成为“魔素”。
而通过魔素可以产生名为“魔法”的特殊能力。
2014年，“形态计划”（Gestalt计划）启动。由于魔素的发现，人类的技术产生了极大的进步，也因此催生出来可以把人类的灵魂从肉体抽离出成为形态化的存在，再把形态化的灵魂放回原本肉体的实验。
这个实验造成了《尼尔1》里悲惨的故事。
2016年，人类研究出来荧光素，可以缓解白盐化症状。人类组成联军与白盐化的白色怪物对峙，由于荧光素的效果随着年龄的递增而减弱，所以逐渐以十几岁的青少年为主要的战斗人员，同时成立以联合国为中心的"哈梅尔机关。”
哈梅尔机关成为了游戏后期人造人独自运行与思考的起点，也是《尼尔1》里村庄管理双子人造人迪瓦菈与波波菈的直接负责机构。
2018年，由于日本在联合国逐渐失去地位，所以日本政府成立“国立兵器研究所”，目的是在通过“魔素”的基础上，改造人体，实现人体强化。以争取再次获得自己的国际地位。因此我们在《尼尔1》里可以看到国立兵器研究所用于伪装的洋楼，同时也能够在这里可以看到当时的最强兵器——实验兵器6 号。
之后几年的时间里，人类社会陷入了恐慌时代，贫民区在全世界不断扩张。所以我们在《尼尔1》里看到的尼尔与他妹妹的贫苦是整个世界的缩影。
2025年，形态计划的第二阶段，人工生命化技术确立，这些人工生命，是采集了人类的基因制作出来的肉体容器。目的是当人类抛弃掉肉体以灵魂的状态存活，白盐化的病原体的消失后，可以让自己的灵魂重新回到对应的肉体容器之中，也就是这些人工生命里。这些人工生命体在《尼尔1》里被当做真正的人类看待。
我们在《尼尔1》的结局里，可以看到妹妹的灵魂成功的回到了她的人工生命里，从这个角度来看，魔王尼尔确实是成功地挽救了自己的妹妹。
