2026年，“国立兵器研究所”发生爆炸，实验兵器6号失控，7号进行封印作战，这里的7号就是《尼尔1》里的NPC之一——埃米尔。
2030年，哈梅尔机关的远征胜利，怪物的统帅者——最后的红眼死亡，失去统率的白盐化的怪物失去了秩序，但也因此白盐化症候群在全世界进一步蔓延。
每一次人类打破秩序之时，便是白盐化症候群进一步扩张之时。
2032年，形态计划以全世界人类形态化为目标开始启动。同时另一个在《尼尔 机械纪元》里作为主角的群体——人造人登上了历史的舞台。
这些半永久运行的人造人被安置在世界各地，他们的目的之一是统一管理人工生命体，当人类再次苏醒后，仍旧能够回到为自己定制的生命体当中。
另一个目的则是指示人工生命体收集魔素，并且通过名为“祭祀”的仪式把这些魔素，再次流放到异世界。
这里突然出现了一个很有趣的事情，这些魔素从《龙背上的骑兵》的世界散播到了《尼尔》的世界，从此刻起又从《尼尔》的世界散布到了另外的一个异世界。
这或许就是整个世界造成悲剧的核心。这同样也是为何我们能在《龙背上的骑兵3》就看到了的观察记录者的雅科儿的原因。
观测者是寻找一条防止世界崩坏的路线，而尼尔这个游戏所展现出来的世界也是仅仅是所有崩坏的世界的一个分支而已。
2033年，“黑书计划”启动，它们是人类灵魂形态化后的仓库，当全世界的怪物与白盐化症候群的病毒消失后，通过告知人造人，启动黑书与白书将人类灵魂化的形态强行回到人工生命中。
至于人类明明已经可以灵魂形态化地存活了，为何还需要重新回到肉体当中呢？这个问题在下面给出了解答。
2053年，形态化后的灵魂有很大的几率会产生自我凶暴化，也被成为崩坏体，并在之后的一段时间死亡。如果想要维持形态的正常，仍旧必须有少量的魔素进行供应。
正是因为形态化的不稳定，导致了人类的灵魂必须重新回到肉体当中。
如果灵魂崩坏了，那么这个灵魂对应的人工生命体也会产生对应的疾病，这个就是《尼尔1》里的黑文病的产生的原因。
同年，哈梅尔机关在发现了名为尼尔的稳定个体，以挽救尼尔的妹妹为条件，与尼尔签订契约，让尼尔为其他的形态化的生命提供能够维持自我的魔素。
尼尔在目击到周围的实验体崩坏后，认为这个实验极其危险，反悔了当初的约定，带着妹妹从哈梅尔机关逃出，也就是我们在《尼尔1》游戏开头看到，这对兄妹逃到了已经荒凉的新宿的破旧超市里的故事。
尼尔在此处遭到崩坏体的袭击，为了脱离危险，尼尔自愿灵魂形态化。
