妹妹也因为事故也同样灵魂形态化，但是妹妹的形态化后，旋即发生崩坏。
哈梅尔机关再次说服尼尔，以冻结妹妹1000年为条件，等待所有的魔素归还异世界后，再次复活时，妹妹便能重新获得健康。
尼尔答应交易，作为原型形态化为其他的形态体提供魔素。
也就是说其他人的形态体会沉睡在黑之书当中，但是为了防止在沉睡期间发生崩坏，必须有人提供微量的魔素，而这个魔素的提供者就是形态化的尼尔。
在这漫长的时间里，只有形态化的尼尔独自一人存活着。
700年后的2764年，人工生命体开始逐渐产生意识，从最初的儿童一般的意识逐渐进化成为接近成年人类的思考方式。
3287年，消灭掉了全部的怪物并且把魔素全部归还于异世界后，世界的净化完成。形态化的人类开始逐渐苏醒。但是由于人工生命体已经具备意识，不再是纯粹的傀儡，因此这些人工生命体反而把形态化的人类当做了会夺取自己生命与肉体的魔物。
3300年，复活仪式的黑书计划开始启动，但是同时也出现了即便注入了尼尔的魔素依然会成为崩坏体的形态。连续供应了1000年魔素的尼尔意识到或许妹妹无法复活的可能性。所以他自己开始主动进行妹妹复活的仪式。
于是我们在游戏里可以看到形态化的尼尔会去劫掠人工生命的尼尔的妹妹。
同时人工生命体的尼尔在村庄管理者——人造人姐妹迪瓦菈与波波菈的指引下获得了白之书，并让其收集“被封印的语言”，目的在于让白之书吸收到足够的能量后与黑之书融合，启动黑之书计划。
当吸收到了足够的力量后，由于白之书早已失忆，并与如今的伙伴有了新的记忆，所以在众人的呼唤当中，白之书放弃自身的职责，并没有跟黑之书融为一体，因此把人类的灵魂强行回到人工生命体的肉体当中的黑之书计划，正式流产了。
至此原本的人类与如今自认为的人类人工生命体，面临了极大的分歧。
五年后，人工生命体的尼尔从少年期变为青年期，寻找到打开形态化的魔王尼尔的城堡的钥匙，并进入到城堡之中找回自己的妹妹。
人造人姐妹迪瓦菈与波波菈在最后的时刻不得不以人造人的身份出现在尼尔面前阻挡其进入魔王城，这场战斗，最后以尼尔的伙伴埃米尔牺牲掉自己的身体的代价消灭掉了暴走的波波菈。
此后迪瓦菈与波波菈型人造人，被其他的人造人当成了造成人类毁灭的原因。
甚至在她们的核心里写下了罪孽与赎罪的代码，因此我们在《尼尔 机械纪元》里可以看到最后的两位迪瓦菈与波波菈型人造人的死亡，而她们最后说的话也是：“我们要偿还我们犯下的罪。”
当然这个罪孽是否归属于她们，成为了一个可以思考的问题，正如同她们在自己的回忆里所说的：“我们日复一日地忍受众人的仇恨。也许是因为机种相同，觉得自己也有连带责任吧？”
人工生命体的尼尔成功击败了魔王尼尔，虽然魔王尼尔的妹妹成功回到了自己人工生命体的身体里，但是人工生命体也已经有了自己的灵魂，因此最后妹妹决定放弃自己的生命，把肉体再次归还于人工生命体。
随后，魔王尼尔也一同随着妹妹死亡，至此形态计划完全失败。
人类进入了灭绝的倒计时。因为人工生命体无法繁殖，所以在失去了人类的灵魂后，他们最终也走向了灭亡。
3631年 以人造人为主体的人类遗产再生管理机构代替了原本属于人类的哈梅尔机关的职责。
4198年，最后的人类也就是形态化的人类死亡。人造人失去了对人类的信仰，开始发生反叛者，这些反叛者被称为独立者。原本的人造人与独立者之间发生冲突。这些独立者后来在澳大利亚宣布建立独立国家。
5012年，外星人来袭。外星人的机械生命体开始登上舞台。人造人在与机械生命体的战斗里逐渐败退了下来。
