《合金弹头Advance》让玩家苦等多年
世嘉和SNK已经放弃了自己的掌机，这两家公司选择和任天堂一笑泯恩仇。Bandai则陷入了一个纠结的局面，WSC依然在苦苦支撑，但Bandai看着GBA游戏的销量难免眼馋。抱着试探的心态，Bandai选择了一个折衷方案。名义上Bandai继续支持WSC平台，GBA游戏的发行业务则交给Bandai的控股公司Banpresto。
Banpresto之前在WS系列掌机上发行了多款“机战”（超级机器人大战）游戏，其中销量最高的一作《机战Compact》也只有14万，2001年登陆GBA平台的《机战A》销量为35万。此后“机战”系列一发不可收拾，在GBA上接连推出了5款新作。
《机战A》的热卖证明了GBA的市场规模
Bandai在2002年以“水晶版”的名义改进了WSC，为这台掌机换装残影更少、面积更大的液晶屏幕。这种小修小补救不了WSC，Bandai最终于2003年宣布停产WSC，随后正式加入GBA阵营。
Square加盟GBA的过程最为曲折。早在2001年1月，即日版GBA首发2个月前，Square就曾公开示好，他们表示，“WSC的机能不适合移植《最终幻想4》，Square希望将这款游戏出在GBA上”。任天堂的老社长山内溥对此回应：“这种单方面的说辞没有任何实际效力，任天堂不会允许Square开发GBA游戏，除非《最终幻想》新作出现在任天堂的NGC主机上。”
两家公司经过谈判，最终于2002年3月达成协议，Square为NGC开发《最终幻想：水晶编年史》，任天堂则允许Square加盟GBA平台。无论如何，这招“挟掌机以令诸侯”的办法还是凑效了。
Square于2003年初在GBA上推出了新作《最终幻想战略版Advance》，游戏仅日版销量就达到了90万，全球为200万。之后Square与Enix正式合并，在GBA上炒了一堆冷饭，但也偶有新作推出。
2004年的《王国之心：记忆之链》由Square Enix和Jupiter联合开发，Jupiter这家小公司曾外包过GBC版《樱花大战》和GBA版《索尼克弹珠台》，具备丰富的掌机游戏开发经验。为了收录动画视频，本作使用了罕见的256Mbit大容量卡带，销量突破150万。
《王国之心：记忆之链》在GBA上也算大手笔
至此，GBA已经把几乎全部日本第三方纳入麾下，但放眼欧美，“所有游戏在这里集结”的理论又有了新的含义。任天堂在2002年把英国公司Rare的股权卖给了微软，此后Rare依然对GBA念念不忘，将SFC的“超级大金刚”系列移植到GBA上。
“超级大金刚”系列的版权在任天堂手中，Rare与老东家合作炒几拨冷饭可谓情理之中。意料之外的是，“班卓熊”和“军刀之狼”这两个系列的版权已经归属微软，依然在GBA上推出了新作。
Rare的动作游戏《军刀之狼》
至于“古惑狼”系列，虽然索尼曾把这名角色定为PS主机的吉祥物，但其版权属于环球，而非索尼。进入PS2时代，索尼与环球因为授权费谈判破裂，就此分道扬镳，原本的PS吉祥物走上了跨平台之路。GBA的“古惑狼”系列变成了2D横板游戏，素质中规中矩。
