通过接触，斯凯对神盾局的看法转变了，并以顾问的形式加入了菲尔小队。
至此，特工小队人齐了:精神领袖菲尔（持续追寻自己复活的秘密），武术大师兼飞行员梅（经常通过秘密线路与某人报告），行动专家沃德（技能高超的模范特工），物理科学家兼发明家菲兹，生物科学家西蒙斯，超级黑客斯凯。
六人处在磨合期，开始了神盾局的职责，守护。有可能守护一个人，也有可能守护全世界。
期间，特工小队也负责处理代号0-8-4事件，未知来源不明物体的回收与处理，斯凯也渐渐融入了神盾局特工的角色，敏锐的菲尔发现了斯凯仍然有秘密。
原来斯凯不知道自己的身世，搜索了能找到的所有信息，最后只有神盾局的一个报告，因为此，斯凯才接近神盾局，希望得到自己身世的真相。
菲尔帮助斯凯调查，并将结果告诉了斯凯，原来她是0-8-4…
得到真相的斯凯没有消极，反而用自己积极的态度影响了菲尔。
在深挖蜈蚣计划中，幕后主使"千里眼"浮出了水面，他就像全知全能的神一样，可以"看"到许多东西，唯独不能看到菲尔复活的经过，使得他对菲尔志在必得。
在经过一系列事件之后，菲尔小队意识到"千里眼"并没有预言的能力，他只是掌握了神盾局高权限，一切的一切都指向了高级特工汉娜。
随着距离"千里眼"越来越近，他的本来面目也浮出水面，死灰复燃的"九头蛇"组织。九头蛇组织展开了大规模的攻击，并强迫菲尔小队一行人来到了神盾局中心。
在中心内，经过殊死搏*，"千里眼"的真实身份并不是汉娜，而是特工约翰·加勒特。他是第一批改造战士，一直潜伏在神盾局内。
看似一切结束了，神盾局胜利了，沃德和汉娜一同押解加勒特前往神盾局关押特殊罪犯的监狱，怎知在飞机上，沃德突然叛变，原来他与加勒特一直都是一伙的，可以说沃德深得卧底工作的精髓。
