加特勒虽然是改造战士，但他的身体将要走到尽头，为了让自己不死，非常渴望得到让菲尔死后复生的秘密，最终，他如愿以偿，得到了让菲尔和斯凯复活的神秘药剂GH325。
在最终的决战中，菲兹和西蒙斯被沃德扔在了海底，二人凭着自己的知识逃了出来，但菲兹因为缺氧导致部分大脑坏死；菲尔在突然出现的佛瑞局长帮助下打败了加特勒。
在大战中，神盾局被彻底毁灭，九头蛇占据上风。佛瑞最后将局长的位置传给了菲尔，让菲尔按自己的想法重建神盾局，可谓是不破不立，虽然经历了一次毁灭，但也消除了内部的隐患。
花裙子蕾娜最后出现，原来她一直都是斯凯父亲的手下，一切只是为了将斯凯带到他眼前，蕾娜的目标是人类的计划，她最终的目的到底是什么呢？
