Gen2•口袋妖怪第二世代包括两个个初始版本金银版，以及一个资料片水晶版。
第二世代是目前唯一一个，可以在两个地图之间冒险的版本。冒险区域分别是城都地区和关都地区。
为了平衡第一世代超能系，在第二世代中，增加了恶系和钢系。笔者当时初玩银版时候，可吃了不少瘪。资料片水晶版是首次可选择女性主角的版本。
画面相较第一世代，增加彩色基础配色。第二世代引入了通过属性来区分的特攻。即例如水火电属性招式，为特殊招式。格斗地面岩石属性招式，为物理招式。相应的，增加了特防属性来计算受到特攻的伤害。从第四世代开始，技能不在按属性直接划分。
时间系统、亲密度系统 在首次进入游戏时候，会让玩家选择时间。而一些精灵变为只会在夜晚出现。由时间系统增加，相应的，出现了每天出现赠送道具的星期兄弟，每周五的拉普拉斯(乘龙)。
亲密度系统，就是跟精灵的好感度。相应的，增加了新进化方式 比如我们所熟知的大嘴蝠就能亲密进化叉字蝠。
孵蛋系统 引入了历史性的孵蛋系统。顾名思义就是玩家把两个性别不同同种类的精灵放在孵化屋"配对"，以获得新精灵。获得以至于孵蛋系统理论成为了对战党必修课之一。
柑果球 增加需要特殊材料制作的柑果球。(PS：二代的柑果球最开始只是一个雏形。)这一设定，可以说是打开了口袋妖怪世界球控的新世界，让孵蛋球控党又爱又恨。
爱的是，不同颜色外观精灵，可以用新外观柑果球捕获搭配。恨的是，柑果球在后续世代中，只能零星获得，无法定制了。
电话系统再战 玩家可以跟对战过的NPC留下联系方式，日后便可重复对战。
其他有趣小事件 用收音机唤醒卡比兽，引入了地图游走神兽，捕捉三圣兽，白银山深处挑战赤红。
顺带一提，在17年中3DS平台发布了VC版(即3DS上就可以体验原汁原味的GB金银水晶)，售价1200日元，约人民币70元
Gen3•口袋妖怪第三世代
