然而，阿尔莫林并没有真正的处死阿泰尔，他只是在众人面前耍了个障眼法，其最终目的是要利用阿泰尔的忏悔和赎罪心理，来完成一个重要的任务——刺*九名圣殿骑士！
阿泰尔经此一劫，心智得到了极大的提升，他开始学着重新去思索刺客信条的真正含义，同时也变得更加冷静和睿智，在执行暗*任务的过程中，阿泰尔也在不断进行着成长和蜕变。在刺*完前八名的目标后，只剩下最后一名圣殿骑士的领导者——罗伯特。
罗伯特
在刺*罗伯特的过程中，阿泰尔逐渐了解到之前从所罗门神殿拿到的宝物就是伊甸苹果，并对伊甸苹果的作用有了初步的了解。同时在这次刺*过程中，阿泰尔还邂逅了一生挚爱玛利亚，玛利亚最初也是圣殿骑士的一员，而且是作为罗伯特的替身出现的。原来罗伯特早就料到了阿泰尔的刺*行动，于是让玛利亚作为替身对付阿泰尔，给自己联合穆斯林攻打马斯亚夫争取时间。
玛丽亚
不过最终阿泰尔还是阻止了罗伯特的行动并成功将其*死，罗伯特临死前，告诉阿泰尔：他的导师阿尔莫林，本就是圣殿骑士的一员，阿尔莫林派他刺*九位圣殿骑士只不过是想要独占手中的伊甸苹果，而而阿泰尔只不过是阿尔莫林对苹果的追寻过程中一名不开窍的兵卒，同时也是将其他知晓此事之人除去的工具。
随后，阿泰尔返回马斯亚夫发现，马斯亚夫的居民和刺客都受到了精神控制，而这一切都是阿尔莫林在背后操纵。阿泰尔完成刺*任务后，已经变得无足轻重，阿尔莫林先是操纵其他刺客攻击阿泰尔，好在昔日好友马利克及时赶到，此时的马利克已经原谅了阿泰尔，在马利克的帮助下，阿泰尔突出重围，赶到了阿尔莫林的所在地——要塞花园，直面一直被其当父亲般看待的昔日导师。阿尔莫林本想用伊甸苹果控制阿泰尔，但被阿泰尔坚韧的精神抵抗住了，经过一系列的战斗，阿泰尔最终击*了昔日恩师。临终前，阿尔莫林向阿泰尔提出最后的请求，希望阿泰尔不要毁灭伊甸苹果。
虽然阿泰尔成功击败了阿尔莫林，不过毕竟是自己曾经如父亲般对待的恩师，阿泰尔决定为其举行一个简单的葬礼，但是忌惮于伊甸苹果的神秘力量，阿泰尔决定将阿尔莫林的尸体火化。这时，已经脱离伊甸苹果控制的众人，对阿泰尔的行为表示了不解，特别是以阿泰尔的宿敌阿巴斯为首的一群刺客，认为阿泰尔*掉阿尔莫林的行为是政变。阿泰尔尝试着去向群众解释伊甸苹果的恐怖之处，却很少有人相信他。于是一场战斗不可避免的发生了，在一片混乱中，阿巴斯偷走了伊甸苹果并跑出了城堡。阿巴斯爬上了瞭望塔，并启动了伊甸苹果，强大的冲击力掀翻了场下的刺客们，阿巴斯也瘫倒在了一旁无法行动，但是伊甸苹果的力量没有停止，它还在持续消耗着刺客们的生命，最后还是阿泰尔顶着冲击力爬上瞭望塔关闭了伊甸苹果，拯救了其他的刺客。在塔顶，阿巴斯还没有从刚刚的冲击中清醒过来，只是瘫倒在地上不断颤抖着请求阿泰尔的宽恕。阿泰尔没有去理会，他只是凝视着手中的伊甸苹果，提出了一个令他探寻一生的问题："你带给我们的会是教义还是毁灭？"
