五、时之笛
《塞尔达传说：时之笛》由任天堂情报开发本部负责开发，是塞尔达系列第一个3D化作品。游戏于1998年11月21日正式发售。本作为媒体《Fami通》史上第一款评分为满分的游戏。虽然1998年十一月才推出，但仍是当年最畅销游戏，已卖出超过960万套。很多评论赞扬时光之笛是历史最佳的电视游戏。2022年7月，艺术家RwanLink正在用虚幻引擎5重制任天堂经典ARPG游戏《塞尔达传说：时之笛》。可以毫不夸张地说，现在市面上所有的3D冒险游戏，都是《时之笛》的子孙后代。
六、姆吉拉的假面
《塞尔达传说 梅祖拉的假面》该游戏是在2000年4月27号日本发行的，该游戏后来在任天堂GameCube以《塞尔达传说合辑》重新发行，并于2009年4月在日本Wii的Virtual Console的服务上重新发行。《塞尔达传说：梅祖拉的假面》是2000年任天堂在N64平台上推出的游戏，而在3DS平台上该作将支持裸眼3D，重制版还将增加原创的关卡供玩家挑战，带来全新的游戏体验。不过这部作品的风格截然不同，难度也极高。尽管在游戏玩法上堪称一绝，但或许并不适合所有玩家，尤其是NS会员游戏库中的N64原版，难度比后来的3DS重制版更高。
七、塞尔达传说：不可思议的果实
于2001年2月27日首发，平台为GBC。《不可思议的果实》是任天堂和卡普空联合开发的作品，是该系列首次分为两部分推出，“大地之章”和“时空之章”，两作之间可以联动打开隐藏内容。故事情节是林克被诸神选中，分别在两个大陆进行试炼，大地之章采用四季的变化，时空之章采用现在和过去的穿梭，彼此进行解谜，当然真结局必须在两章故事全部完成后获得。 游戏原本预定还有第三章“勇气之章”，但因为种种原因作废取消。
八、塞尔达传说风之杖
《塞尔达传说风之杖》故事采用了3D卡通的表现方式，使主角林克活灵活现的表情、柔软俐落的身手、2D动画质感的烟雾与爆炸光影等都表现得淋漓尽致。任天堂之前也曾经表示，自信《塞尔达传说GC》有挑战迪士尼动画王国的水准，这款游戏是另一种不同的3D游戏，GC的强大机能使得开发组以创新的方法将画面和操作结合在一起。这是《塞尔达传说》系列第二次获得满分，也是第四款满分游戏，在当时看来，四款满分游戏，有一半是《塞尔达传说》的，可见这一系列游戏的地位。本作用了3D的卡通渲染，让当初看惯了3D游戏的玩家们耳目一新，也让众多口味挑剔的玩家也对本作心服口服。
