序章
薛帕德站在房间内，看着楼下的孩子，手里拿着一个战斗机的模型，不停地把玩。
敲门声响起，下士詹姆斯进来，和他一起去见上将安德森。
见到安德森，二人简单聊了几句，便一起前往星联理事会。
薛帕德正准备动员星联参战，却意外得到了伦敦已被收割者占领的消息。
正当星联的领导犹豫不决时，收割者从天而降，摧毁了星联总部。
薛帕德和安德森从废墟中爬起，前往停机坪。一路上，二人解决了一撮又一撮的敌人。
诺曼底号赶来，薛帕德率先跳上飞船，安德森却决定留下来。诺曼底号飞离地球。本章结束。
个人观点:无论是建模还是战斗方式都很不错，但本关唯一美中不足的是，会强制玩家无法发射子弹，而只能靠双手消灭敌人，再次补充弹药后才能使用枪支。
亮点:同前两部一样，与队友之间的谈话，可增加主角的楷模值或叛逆值，并最终影响游戏的结局。同时，改进了武器系统，并增加了枪支的容弹量和散热系统。在进行星系扫描时，所扫描的资源，可作用于飞船和整支舰队，为最后的决战打下基础。
第一章 火星任务
在诺曼底号的底舱，詹姆斯看着薛帕德，问他:"我们要去哪儿？战场在地球上！嘿！"薛帕德回答:"我们要离开地球。"詹姆斯实在不满这样的回答:"开什么玩笑？放我们下去，我要……"薛帕德打断他的话:"我们要去神堡，为这场战争争取援助。如果你想回地球，等到了神堡，搭下一班飞船回去吧！"詹姆斯摆了摆手，转过身去，不再与薛帕德争论。
通讯器中传来了杰夫的声音:“嘿，中校。""小丑，你最近怎么样？""还好。哈克特上将要和你通话，我给你转接过去。"
屏幕上出现了哈克特的身影:“伤亡惨重……你现在必须前往火星……找到莉娅娜……"由于干扰太厉害，通讯就此中断。阿什丽和詹姆斯一愣:"火星？为什么要我们去那里？"薛帕德说道:"不知道，那里一定有什么东西等着我们。"
诺曼底号出现在火星轨道上。
三人搭乘穿梭机，降落在火星表面。在前方不远处，发现了一具士兵的尸体。
向着火星基地的方向前进，在火星基地入口不远处，遭遇了一小股塞伯鲁斯士兵。解决掉之后，进入基地内部。
三人正在谈论之时，基地上方的通风管道内传来异响。三人躲在暗处，向上观察。
通风管道内，莉娅娜正遭到两名塞伯鲁斯士兵的追击。由于通风管道内无法进行还击，莉娅娜跳下通风管道，转身施展悬浮技能，将两名追击者悬浮在空中，然后一枪一个，干掉了两人。
薛帕德现身，莉娅娜看到是他们，简要说明了基地内所存放的东西。
