鸣人2年后修炼归来，与佐井和樱*“第七班”开始了拯救我爱罗的任务，于是“晓”组织目的开始浮现：收集9只尾兽，复活十尾。在救完我爱罗后，木叶和砂忍确立了友好的关系。后众人在击败”晓“的飞段，角都等人之后，开始寻找宇智波鼬。鸣人在遇到宇智波鼬后，鼬将最强幻术”别天神“的力量送进鸣人体内，希望鸣人能恰时用到。随后鼬和佐助开始了兄弟之间的战斗，鼬战斗期间帮佐助摆脱了咒印的束缚，并最后力竭而亡，帮助佐助觉醒了写轮眼。在带土阐述鼬真相的情况后，佐助决定加入”晓“向迫害鼬的木叶复仇。
此时，自来也为查明”晓“的真相潜入雨隐村，在发现”晓“首领是自己以前学生长门小南时，被*，但通过青蛙将情报传递给木叶。鸣人知晓自来也死亡后，为报仇开始修炼仙术。随后佩恩进攻木叶，期间鸣人曾尾兽化暴走，但被四代所留下的机关阻止，并告诉鸣人幕后黑手是”面具男"。随后恢复理智的鸣人战胜佩恩，感化师兄长门，长门复活了木叶众人后，力竭而死，小南带着长门尸体离去，鸣人成为木叶英雄。
在得知佐助加入“晓”后，鸣人作为昔日好友，想阻止佐助继续坠入邪道。此时晓引起五大国的重视，团藏代替昏迷的纲手出席“五影会谈”，受到佐助的袭击，但佐助发现并不是五影对手后，被面具男救走，面具男出来向五影宣战，准备开始第四次忍界大战。此后，团藏离开后，被佐助追*，团藏死前醒悟当年自己保护木叶的初衷，想与佐助同归于尽却失败了。然后鸣人赶到，但佐助写轮眼使用过度无法继续战斗，与“面具男”一起离去。随后开始移植鼬的眼睛。
8.第四次忍界大战
鸣人在奇拉比帮助下，学会了九尾模式，并加入第四次忍界大战。在与面具男的战斗中，击破了“面具男”的面具，发现真身实为带土，令卡卡西十分震惊。与此同时，被秽土转生复活的宇智波斑，在击败五影后赶到带土的战场开始协助战斗。随后带土和斑复活了不完全体的十尾，鸣人陷入苦战。此时，佐助移植完鼬的眼睛后，与秽土转生的鼬相遇，一起击败仙人兜后，鼬向佐助表达了歉意和相信后离去，佐助为了探知真相复活了大蛇丸，并在大蛇丸带领下，复活了前4代火影，并向他们寻求真相。在得知真相后，佐助带着4个火影赶赴战场协助鸣人，在大家努力下带土被击败。
