曾几何时，世上出现了无数身形庞大的无脑巨人，人类的生命受到前所未有的威胁。最后的人类筑起了三座高墙，玛利亚之墙，露丝之墙，希娜之墙。人类如同圈养在笼中的鸟儿一般，迎来了长达一个世纪的和平，屈辱的失去了自由。
但这可笑的和平终有被打破的一日。本作男主艾伦的母亲因玛利亚之墙被破坏，被巨人撕碎吃掉，无力的艾伦在汉尼斯叔叔的悲伤绝望的呼喊，亲眼目睹母亲被吃掉的他立志此生一定会将巨人赶尽*绝。
艾伦和其好友三笠以及阿尔敏一同加入了104期训练兵团，并获得了前十名（三笠第一）。
在城墙上工作的第一天，超大型巨人破坏了第二道门，无数巨人进入，几年前的惨剧似乎又要重演。战斗中，艾伦为了救阿尔敏被巨人吃掉。（看到这里你以为一代男主就此嗝屁吗，然并卵）
艾伦体内的未知力量觉醒，使其巨人化并反*了吃掉自己的巨人（大概是所谓的黑吃黑吧）。艾伦处于意识的本能与其他巨人战斗，精疲力竭倒下时才恢复原身。三笠紧紧抱住了他。
待艾伦完全清醒后，他被认作是叛徒而将要被处决，之后被司令救下，艾伦答应用巨人化的能力堵上城门上的大窟窿。但由于力量掌控不成熟，他失控了，并伤害了三笠。最终在阿尔敏的帮助下恢复了本心，找回了自己，用尽全身力量搬起巨石堵住了城门。（这一段过于热血，且bgm相当棒，且这一段利威尔兵长露了个超帅的侧脸）
