后来，伽色尼王朝被另一个突厥王朝塞尔柱帝国所败，然后被古尔王朝所灭，而古尔王朝又最终被花剌子模帝国所灭。
公元13世纪初，花剌子模帝国版图横跨波斯、中亚和阿富汗，盛极一时。公元1215年，花剌子模王摩诃末对蒙古人的挑衅，也引起了蒙古人的西征。花剌子模的这一挑衅，几乎毁灭了整个伊斯兰世界，只有埃及的马穆鲁克王朝幸存。
13世纪是蒙古人的世纪，中亚和阿富汗也不可避免的打上了蒙古烙印——伊尔汗国。
伊尔汗国之后，统治阿富汗地区的是脱胎于西察合台汗国的帖木儿帝国；
帖木儿帝国之后，阿富汗地区又成为波斯人的萨菲王朝和帖木儿后裔莫卧尔帝国的争霸场。
从公元9世纪开始，阿富汗地区在波斯人、突厥人、蒙古人之间兜兜转转，但不管统治者是谁，这里不变的根基都是波斯文明，而信仰又都是伊斯兰教。
阿拉伯人没有出场，但其实也一直都没有缺席。
波斯化、突厥化、伊斯兰化，是阿拉伯帝国崛起之后包括阿富汗的整个中西亚的历史发展主线。
如果以粗线条的形式简单区分中西亚的话，伊朗和阿富汗属于波斯文明，土耳其和中亚属于突厥，而剩下的则是阿拉伯国家。
至公元18世纪中叶，波斯开始走向没落，阿富汗普什图族酋长艾哈迈德乘机独立，于公元1747年建立了杜兰尼王朝。
至此，统一的阿富汗国家正式形成。
从此，阿富汗又开始了“帝国坟场”的无奈历史，大英帝国、俄罗斯帝国（苏联）、美帝都在这里争霸天下、折戟沉沙。
