苦艾酒
琴酒（Gin）为黑衣组织的高级干部，在组织中负责重要的交易、暗*欲逃脱或组织内奸，能直接和「那位先生」见面，除了是将工藤新一灌药使他缩小的罪魁祸首，也是*害宫野明美（灰原哀的姊姊）的凶手，在宫野志保（灰原哀）逃离组织后仍持续追踪其下落。伏特加（Vodka）总是和琴酒一起行动，并称呼琴酒「大哥」，魁梧的身材和墨镜为特征，擅长使用多种武器与驾驶交通工具，并拥有惊人的记忆力，能记住自己*死的人的所有姓名。苦艾酒（Vermouth）为黑衣组织的高级干部，可以和「那位先生」联络与独自行动的权利，负责情报蒐集与暗*的任务，在美国纽约时因曾被新一与小兰救了一命，自此暗中保护两人，却因不明原因十分憎恨雪莉（宫野志保）。
黑衣组织
灰原哀
雪莉（Sherry）在第18集初次登场，为黑衣组织的科学家，也是「APTX-4869」的研发者，本名宫野志保，父亲宫野厚司、母亲宫野艾莲娜、姊姊宫野明美皆为黑衣组织的成员，但姊姊宫野明美为了让自己脱离组织，执行了抢案，但事后却被琴酒灭口，因父母已双亡，姊姊的死让雪莉大受打击，后来逃出组织，吃下「APTX-4869」后身体缩小并化名灰原哀。
【只出现剧场版中的成员】
《往天国的倒数计时》：原佳明
《漆黑的追迹者》：爱尔兰、冈仓政明
《纯黑的恶梦》：库拉索、司陶特、阿夸维特、雷司令
【间谍成员】基尔、伊森·本堂、波本、苏格兰、黑麦
► CIA：基尔（Kir／本堂瑛海／水无怜奈）、伊森・本堂
基尔（Kir/本堂瑛海/水无怜奈）
基尔本名本堂瑛海，为伊森・本堂的女儿，和父亲皆为卧底于黑暗组织的CIA情报员，又化名水无怜奈，表面的公开身份为日卖电视台女主播。因为真实身份差点被琴酒识破，被迫*害父亲伊森・本堂来取得信任，又在某一次的事件中被FBI俘获，被柯南、赤井秀一发现身份后，假装枪*赤井秀一来取得组织信任，得以再次回到组织进行卧底。
► 警察公安：波本（Bourbon／降谷零／安室透）、苏格兰（Scotch／诸伏景光）
