第七集 机关城的机械巨兵
在一场暴风雨的日子里，草帽海贼团从某艘船上得到一个宝箱，大伙兴奋的将箱子打开一看，里头不是宝物而是一个老婆婆，害怕被海贼伤害的老婆婆情急之下表示要将自己岛上的“金之王冠”送给草帽海贼团，于是为了将老婆婆平安送回家，一行人航向了伟大航道的“机关岛”，途中他们听到岛上的渔夫不断唱着“摇啊摇！摇啊摇！海之王者！金之王冠！”，乔巴表示他一直对这座岛有份奇怪的感觉，而草帽海贼团在这次的冒险中，逐渐揭开了上千年来就存在于这座机关岛的秘密。
第八集 沙漠王女与海贼们
路飞和他的伙伴们继续着在海上的冒险，有一次来到了沙漠王国阿拉巴斯坦，这里的地下组织正在密谋着颠覆这里的王权统治，公主薇薇为了消灭这个邪恶秘密组织而出走至今未归。其实公主薇薇是为了阻止这一场阴谋而作了卧底，她一直祈祷能及时赶回国内阻止灾难的发生。
第九集 绽放在寒冬的奇迹樱花
草帽海贼团的航海士娜美突然病倒了，一行人在没有船医的情况下，来到了有医疗大国之称的“磁鼓岛”，但不幸的是，岛上所有的医生皆因现任国王瓦波尔的恶政而遭到放逐，只剩下一位技术高超的130岁女医生住在磁鼓山上，路飞历经千辛万苦终于来到女医生的住所，在那里他们发现女医生身旁一只有着蓝色鼻子、精通人类语言而且还会用双脚站立的驯鹿托尼托尼·乔巴……
第十集 强者世界
正在向着伟大的航路进发的草帽海贼团，有一天突然听说蒙奇·D·路飞的故乡东海遭受危机的消息。正当蒙奇·D·路飞打算中断旅程返回东海的时候，有着飘飘果实能力的海贼“金狮子史基”乘着飞空海贼船出现在众人面前，强行带走了精通航海术的娜美，并将草帽海贼团其他成员及桑尼号丢在了金狮子利用其能力制造的空岛上。
蒙奇·D·路飞等人经历了各种冒险终于重新聚集在了一起，并得知这个强大得难以想象的对手，竟然正是曾经破坏了半个海军本部才被战国和卡普联手抓住的，第一个从有“铜墙铁壁”之称的推进城越狱成功并侵犯海军总部的传说中的海贼，同时也发现了他酝酿了多年的从先进攻最弱的东海开始到最终征服世界的计划。草帽海贼团众志成城，决定一起去营救娜美，打败金狮子，拯救东海。
第十一集 追寻草帽（3D版）
路飞出大事了，昨天晚上还在的草帽竟然不翼而飞！路飞小时候曾经遇到过心目中的偶像——大海盗红发香克斯，是香克斯给了他这顶草帽，并和他立下了决定人生目标的约定，对路飞来说，草帽可是比性命还重要的宝贝，无论遭遇何样的危险都不会舍弃它。路飞发了疯似的四处寻找，终于发现了一只老鹰正叼着他的宝贝草帽。
与此同时，乔巴和乌索普在找帽子途中遇到了一艘落难船，他们救了老海盗修奈达。修奈达向他们述说了和草帽有关的惊人故事。这个剧场版是3D版的可能有些观众看着比较别扭。
第十二集 FILM Z
伟大航路的后半段，"新世界"某个小岛上，迎来了令人毛骨悚然且充满不祥气息的访客。其首领是原为海军大将的Z，他的家人当年遭海贼*害，右臂当初也在海贼的袭击中重伤致残，因此对这群"祸乱天下"的不法之徒怀有切齿仇恨。此番他登岛的目的，是为了获得蕴藏着巨大能量足以和古代兵器相媲美的矿物黛娜岩。跟随在他身后的是多年来一直和Z大将出生入死的忠实部下爱和宾斯。黛娜岩一旦到手，Z将率领他的"NEw海军"展开天下海贼全盘歼灭的宏大计划。
与此同时，顺利突入"新世界"的草帽海贼团遭遇了NEO海军的阻击。在他们面前的，正是右边装配了海楼石制成的机械手臂、全身布满绷带和伤疤的Z大将。路飞等人与之陷入缠斗，可是很快便意识到眼前这名男子，拥有比其外形更为恐怖的实力。在极度憎恶海贼的Z大将狂风暴雨的攻击下，草帽海贼团丢盔弃甲，毫无还手之力，连他们的桑尼号也遭到一定程度的损毁。
三大将之一的青雉也离开海军本部后，也追寻着草帽海贼团的气息来到"新世界"，前所未有的劲敌交替登场，路飞和伙伴们面临严峻的挑战。这是路飞一伙进入新世界的一个比较强大的敌人看的也比较热血。
