古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。
有一天矿工巴鲁偶遇拉普达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉普达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追*希达。巴鲁带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。
巴鲁为了救朋友，只能选择与海盗合作。他与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找天空之城拉普达之旅。
历经千辛万苦，飞越浓重的黑暗后，巴鲁与希达来到了天空之城拉普达。这里是寂静的天堂，到处都郁郁葱葱，就连值守的机器人身上也是布满了绿油油的青苔与盛开的花。
