之后真木被带到了一处秘密基地，沙罗他们告诉真木，在一个月前就开始监视他了，真木很生气。但是沙罗告诉真木，类似的事件在三个月前就已经发生过了，原来在三个月前有一个蓝色发光体坠落在太平洋，军方派人出去调查却几乎全军覆没，只有有恸贵文活了下来，事情发生一周后，幸存的贵文竟然变成了怪物，而这个怪物就是异生兽始祖。
贵文在变异成为异生兽之后，他吸收了壁虎的能力，爬到监控的死角，引诱看守的士兵进入然后袭击士兵逃走。说到这里，真木头疼欲裂，突然看到了异生兽袭击士兵的画面。原来真木也受到了红色发光体的影响，六感变得异常强大，此时的沙罗和军方大佬已经将真木看成是怪物，尽管真木进行了否认，但是内心也不免害怕。
03伏击异生兽始祖
随后真木被带到一处地下密室被囚禁起来，真木十分抗拒，突然他感到了怪物靠近，而这一切都是沙罗的安排。原来沙罗早就知道异生兽会前来诛*真木，所以故意以真木为诱饵引诱变成异生兽后的贵文过来，想要将贵文歼灭在这里。贵文果然上当，独自闯入了埋伏圈中，士兵随即开枪射击，一番齐射之后，异生兽应声而倒。可是异生兽并没有死，站起来后更加狰狞，并且还吸收了一堆的五线石龙子，而且还变得更为巨大，此时的异生兽始祖进化为强化形态，并且开始屠戮士兵，最后只有沙罗活了下来。
就在沙罗和异生兽始祖对峙的时候，真木以强大的力量脱困，看到沙罗有危险，真木不计前嫌让沙罗快走，自己则是吸引了异生兽的注意。异生兽这一次的目标就是真木，于是就开始攻击真木，并且还将真木击飞砸破凹墙体。然而真木不仅没有死，而且站起来之后全身散发蓝光，蓝关之中又被橙色的光纹布满全身，随后变大成为了奈克斯特奥特曼！
随后奈克斯特奥特曼和异生兽始祖搏斗，异生兽眼看打不过，一生气就将目标放在沙罗的身上，但是奈克斯特用身体挡下了攻击，至此沙罗开始对奈克斯特改观。可是因此奈克斯特被异生兽始祖用尾巴绑住了脖子，奈克斯特单身发光将尾巴切断，但是随后胸口的计时器开始闪烁。不过即便是在能量不足的情况下，奈克斯特还是打伤了异生兽始祖。随后始祖想要逃跑，奈克斯特虽然想要追赶，但是无奈能量不足，又是第一次变身，随后倒下变回了真木。
04最后的决战
沉睡中，真木又看到了那个巨人，这个时候的真木哪里知道，梦中的巨人竟然是诺亚奥特曼的退化形态。醒来之后，沙罗告诉真木，贵文的目标就是他，所以沙罗才会拿真木来当诱饵。而这个时候日本新西宿的地下，贵文袭击了工人，并且不断吸收各种动物来完成进化。真木于是同意帮助沙罗等人对付贵文，可是在前往的路上，真木感知到了儿子出事进了医院，于是就抢了一辆车前往医院，军方大佬下令狙*。
在医院的门口，沙罗预知到真木的到来，这个时候真木的战友出现，并且用枪让沙罗同意真木进医院看儿子，沙罗只好同意。真木来到医院，发现儿子没有事，不过这个时候的他已经决定要一直守护在儿子的身边，可是真木的儿子却很懂事，让爸爸去工作，自己没事，为了不让贵文大肆残害民众，真木和沙罗一起出发。
