新版《神秘博士》第二季壁纸，第十任博士和女伴Rose Tyler
到《神秘博士》第三季，博士和新的女伴Martha Jones搭档。这一季的感情线变成了在两个人的旅行中，Martha逐渐爱上了博士，而博士却不愿意接受这份情感。两个人在季终一集大战法师，之后黯然作别。
新版《神秘博士》第三季中，第十任博士和女伴Martha
第三季中最有趣的一集是第十集《别眨眼》（<Blink>），这一集的编剧正是从第五季开始一直到第十季，一直担任《神秘博士》总编剧的史蒂文·莫法特（Steven Moffat）。另外一提，深受剧迷朋友喜爱的英剧《神探夏洛克》的编剧也是这位史蒂文·莫法特。
史蒂文·莫法特（Steven Moffat），《神秘博士》第五季至第十季总编剧，同时也是《神探夏洛克》编剧
在新版《神秘博士》S03e10这一集里面，史蒂文·莫法特新开脑洞，想象出一个博士新的对手 "哭泣天使"。按照设定，这是宇宙中最孤独的物种，成量子生命态，一旦被人看到，便会坍缩成一尊雕塑；而一旦看的人一眨眼，这个哭泣天使便会扑过来吞噬对方的时间能量。按照粉丝们对剧中反派的最新投票排名，哭泣天使这一角色目前已跃居第一，超过了原本最经典的达莱克斯。
哭泣天使，最早出现在《神秘博士》S03e10《别眨眼》这一集
到第四季的时候，编剧想让《神秘博士》的情感基调轻松一点，于是给博士安排了一个"纯友谊"的新女伴Donna Noble。相比前三季，第四季的《神秘博士》确实走上了轻松喜剧路线，各种科幻创意也玩的驾轻就熟游刃有余，格局也越做越大。其中最有趣的一集当属第七集《独角兽与黄蜂》（<The Unicorn and The Wasp>）。在这一集里面，博士和Donna遇见了阿加莎·克里斯蒂。这一集的编剧显然是阿加莎·克里斯蒂的超级粉丝，整集故事高度模仿了阿加莎小说中连环*人案的悬疑推理模式，而且把阿加莎本人的一段真实的失踪经历也编进了故事里面。
