然而，一旦一些科学家在东非进行研究，达尔文人类进化理论中环境变化的重要前提突然消失。
耶鲁大学金斯顿考古队对东非的地理和气候进行了非常详细的研究。他们对大裂谷南端的土肯山碳酸化土壤的同位素分析发现155百万年前，大裂谷地区雨林和草原的混交与今天完全一样，根本不存在上述传统所说的气候大变化。
化石的疑问
考古学中发现的古化石是支持类人猿同质进化理论的主要证据，但正是在这方面，它们才显示出脆弱的本性。
1995年初，科学院发表了一篇总结文章，介绍了中国古代人类考古学50年来的主要成就。例如，著名的元谋猿人还发现了两颗内切牙，一左一右；蓝田猿人只有一个下颌骨；丁村猿人只有三颗牙，一个小头骨；马坝猿人只有一个不完整的头骨；柳江猿人只有一个完整的头骨，四个完整的胸椎和五根肋骨；资阳猿人只有一个头骨，一个完整的头骨头骨硬腭：山顶山洞人骨头多一点，有3个完整的头骨，几十颗牙齿和一些脊椎骨。要知道，元谋猿人和山顶洞人之间有50万年的历史。令人惊奇的是，为什么只用一点信息就能勾勒出人类150万年的发展历史。科学家如何用一个小头骨来判断它是人还是猿什么的？无论如何，当看到古人类学家给出的结论时，总会有一种模糊的感觉。
其次，考古鉴定也存在诸多问题。目前，考古学上通常采用碳14测定法，但碳14很不稳定。年代越大，差距越大。在人类化石的测定中，有几万年或几十万年的误差，如元谋猿人170-100万年，马坝猿人70万年，蓝田猿人1.15-75万年，丁村猿人40万年。因此，许多人对这种进化模式持怀疑态度。虽然从猿到人的进化过程中存在着考古学等诸多证据，但仔细分析后不难发现其中存在的诸多问题，如猿人与古人的过渡类型是什么？古人是如何向新人飞跃的？是什么力量改变了他们？为什么缺少中间化石？
直立行走是进化还是退化？
有人从进化的角度质疑，脊椎动物四肢着地在生物学上是合理的，这会分散脊椎动物的压力。但人类是直立行走的。直立人脊柱承受的压力过于集中，不如四肢行走的脊椎动物合理。为什么会发生这种进化？是进化还是退化？
现在有一个问题需要注意。因为人和动物最大的区别（在外表上）是人可以直立行走，而动物是爬行的，所以我们总是尽力解释这种区别。因为人类比动物先进得多，所以在解释中，大家都在讨论直立行走的好处。那是因为我们人类是直立行走的。我们为什么不分析一下四肢行走的好处呢？
按照总的思想，人的手和脚之间的分工是在劳动过程中形成的。当自然环境发生变化时，故猿被迫走出丛林，使前肢进化成手臂。然而，对东非大裂谷的调查证实，至少在东非不存在这一前提条件，那么，促进猿类与人类分工的环境在哪里？同时，我们发现，蓝田猿人和山东人居住的地区不是平原或草原，而是植物密集的山区。世界其他地区猿人的生存环境与此基本相似。在这种自然条件下，用四肢不比只用后肢好吗？手足分化的演变如何发生？
地球上为何只有人类进化得如此高级？
用血浆蛋白分子差异程度的定量测定表明，人类是目前最接近大猩猩和黑猩猩的物种。大约4000万年前，人类与类人猿和黑猿分道扬镳。奇怪的是，4000万年后，大猩猩和黑猩猩几乎没有明显的变化。它们将永远属于灵长类动物。根据目前的进化，哺乳动物在4千万年后不会进化成智人和现代人类。如果进化是生物界的普遍规律，那么这个规律应该适用于所有生物的进化。既然有一只猿进化成了人类，为什么我们还没有发现其他正在进化的猿呢？或者为什么我们还没有发现其他猿类进化成成人的趋势呢？为什么只有地球上的人类进化才取得了这样的成果？
