这场暗无天日的神明之战最后以帝俊战败而亡作为收场，神明们死伤殆尽，女娲奄奄一息，起源之地的辉煌不复存在。女娲恍惚间明白了创造与毁灭的轮回无法避免，究极力量终究不能为人所支配，她用最后的力气将方舟核心（就是宇宙之心）封印，将钥匙放在了十二座奇迹中，期待着将来会有能正确支配力量的人出现，众神陨落，象征着一个时代的终结。
转眼已是三千年，人类继续繁衍生息，创造了属于自己的文明，迎来了璀璨的英雄时代，当年的十二奇迹部分犹在，部分下落不明，昔日的神明时代几乎沦为传说。西方大陆某处，“堕世之神”帝俊因为曾经在方舟上偷偷保存了一小小块方舟核心，得以苏醒，但他只有意识不能移动，需要方舟核心来重塑机体。有一天渗透在土地里的长安城牡丹花的汁液带来了关于方舟核心封存地的线索，被帝俊选中的青年马可波罗，带着使命，踏上了东方大陆。
稷下学院的老夫子是曾经的神职者，见证过神明之战，如今他是稷下三贤者之首，大陆第一强者、王者大陆最智慧的长者。文明不能再度毁灭，要比堕世之神先找到奇迹钥匙，阻止宇宙之力被错误使用。夫子将厚望寄托于受征召的英雄。
未来征程已然开启：
同伴与敌人，奇迹和命运，这一次，究极的力量能否找到它正确的方向？
【建木】
倒悬天：姜子牙、女娲、杨戬、哪吒、妲己、太乙真人、梦奇、盘古
（奇迹：日之塔）孙悟空、牛魔王、猪八戒、嫦娥、后羿
<游戏·万象天工·日之塔>
【日落海】
日落圣殿：亚瑟、安琪拉、雅典娜
海都：露娜、狂铁、马可波罗、米莱狄
<游戏·万象天工·武道大会>
【东风海域】
京都：宫本武藏、娜可露露、不知火舞、橘右京
血族巢穴：徐福
【北荒】
狼旗：王昭君、成吉思汗
【云中漠地】
金庭城：兰陵王
千窟城：伽罗
玉城：晟
都护府（兰陵城旧址）：裴擒虎
（奇迹：王者峡谷）
<游戏·万象天工·五军对决>
<游戏·万象天工·边境突围>
【河洛】
长安：李元芳、李白、武则天、狄仁杰、程咬金、钟馗、达摩、上官婉儿
（奇迹：长城）花木兰、李信、苏烈、沈梦溪、百里守约、百里玄策、铠、伽罗、盾山
尧天：明世隐、杨玉环、弈星、公孙离、裴擒虎
【大河流域】
云梦城：干将莫邪、瑶、鬼谷子、东皇太一、云中君
鸿门：项羽、虞姬
灞上：刘邦、张良、韩信
【三分之地】
武都：典韦、夏侯惇、曹操、甄姬、貂蝉、吕布、典韦、蔡文姬
江郡：孙策、大乔、周瑜、大乔、孙尚香
益城：刘备、关羽、张飞、诸葛亮、赵云、刘禅、黄忠、元歌、马超、阿古朵
【逐鹿】
稷下：庄周、墨子、老夫子、孙膑、廉颇、钟无艳、西施、曜、蒙犽、鲁班大师
（奇迹：通天塔）
玄雍：嬴政、扁鹊、白起、芈月、鲁班七号、镜、蒙恬
南荒：高渐离、阿轲
