更不幸的是，“三藩之乱”平定后，陈梦雷因为曾委身耿精忠而被判死刑。陈梦雷入狱前后，曾多次要求李光地为自己作证辨诬。李光地于康熙十九年（1680年）返京后，也曾为陈梦雷“代具一疏”，但对陈梦雷在福州“离散逆党，密图内应及同谋请兵之事，一语不及”。陈梦雷因此大恨李光地，责其“欺君负友”，还写了《绝交书》。
但李光地断然不承认陈梦雷的指责，他向康熙奏云：陈梦雷所谓“臣上蜡丸书是他定的稿，实实无此事”。还指出：康熙十四年（1675年）五月，自己将上密本之时，曾派人持书到福州找陈梦雷，陈梦雷“一字不见答”，因此只得“与家叔谋之”，陈梦雷对自己的攻击，是受忌妒自己的大臣指使所致。于是，陈、李二人的是非争论，遂成历史公案。
