考证及梳理明清时期《本草纲目》的流传及源流情况。从《本草纲目》祖本入手，通过文献研究法等文献学方法，兼析历代主要版本，系统论述明清时期《本草纲目》的版本情况与存疑之处。《本草纲目》祖本问世于1596年，明清刊本60余种，其内容之丰富，学科涉猎之广令人惊叹。对《本草纲目》版本的讨论为后人对该书的研究及整理提供了基础依据，有助于对中医古籍的保护，有助于中医药事业的发展。
李时珍，字东璧，晚年自号濒湖山人，湖北蕲州人。明正德十三年(1518年)，李时珍出生于医学世家，据《明史·方伎传》所载：“……穷搜博采，芟烦补阙，历三十年，阅书八百余家，稿三易而成书，曰《本草纲目》。”[1]明·万历六年(1578年)李时珍历经艰辛，经过27年，终于写成了52卷的中药学巨著《本草纲目》。《本草纲目》其书共收入药物1 892种，其中新增药物374种，附方11 096首，插图 1 109幅。明万历二十一年(公元1593年)该书正式在南京甫将刊行，3年后(1596年)首刻正式问世，即现在所说的祖本“金陵本”。
《本草纲目》版本众多，历来除公认的祖本金陵本外，均分为3个版本系统，分别是：江西本、杭州本及合肥本。据龙伯坚编著的《现存本草书录》、2007年出版的《中国中医古籍总目》[2]以及各大图书馆中检索到的资料，《本草纲目》明清版本共有70余种，其中除去难以核实的版本，江西本系统共有明末清初刊本9种，杭州本系统有清代刊本30余种，合肥本系统有清末及近代刊本20余种。
各种翻刻本在序文、附图、附刊书籍、内容、行款笔墨等多方面各不相同，而《本草纲目》的三大版本系统就是以此为标准而分。而其中划分系统最为重要的是附图系统的差异，据此而分的三大系统在时间上可如此对应：1) 明末清初时期，明末时期主要是以金陵本为底本翻刻的江西本和杭州本。明末清初其他刻本多根据江西本翻刻。2) 清代中叶时期，多以钱蔚起的杭州本为底本翻刻而来。3) 清代末期，1885年合肥本问世后，各家翻刻多以合肥本为底本。
清·光绪元年(1875年)之前，所有版本均为刻本。而石印是平版印刷的一种技术，19世纪初在欧洲已经普及，于清道光十四年(1834年)在中国出现石版印刷的布告。因而1875年以后的版本均为石印本，独本不是石印本而是刻本，因而其影响愈加深远。
1 《本草纲目》祖本系统版本
1.1 金陵本
《本草纲目》原刻本是明万历十八年庚寅(1590年)金陵胡承龙刻本，简称“金陵本”或“胡承龙本”。该版本版框高20 cm，宽13.9 cm，每半页12行，每行24字，总共52卷，附图 2卷共1 109图，25册，4函。现存的金陵本可考的共有7部，其中2部现存中国中医研究院和上海图书馆，3部存于日本阁文库、狩野文库、东洋文库，德国柏林国立图书馆、美国国会图书馆各存有1部[3]。
从序言、附图、附书及内容等方面来认识金陵本：1) 在序言方面，金陵本卷首有著名文学家王世贞所作序言一篇，名为“《本草纲目》序”，此外再无他序。后世翻刻的版本在序文中加入李时珍之子李建元的“进本草纲目疏”以及重刻的序言。2) 在附图方面，金陵本共有药图 2卷1 109图，每半页4~6图，基本都是写实自绘。3) 在附书方面，金陵本并没有李时珍所著其他著作附刻在后，附书应是从江西本始。4) 此外“辑书姓氏”也是金陵本绝无仅有的内容。
1.2 制锦堂本
制锦堂本由河南省收藏家晁会元于2008年偶然所得，其本意为入伏牛山寻找明代版画《列女传》，却机缘巧合得到了制锦堂版的《本草纲目》[4]。该版本板框高宽数，每半面行、字数，与日本东京文库所存白纸本、上海科技出版社影印上海图书馆珍藏的金陵本特征完全一致。
关于此本确切的版刻年代，尚有争议。一说认为，根据明代版刻书目，如《唐陆宣公集》二十二卷明万历制锦堂刻本以及《性理标题汇要》二十二卷明天启制锦堂刻本，说明制锦堂主人吴吉征是活跃在明万历至天启年间的人，因而制锦堂本应是这个时期的出版物[5]。又因制锦堂本与摄元堂本相较题衔未完全剜改，保留了李建中辑李建元李建木图署名，增添了校刊人南州后学刘日署名，因此认为该版本在万历及天启年间刻印，晚于江西本早于摄元堂本。另一说认为，制锦堂本很有可能晚于摄元堂本甚至于晚到清初[6]，此说因无法得到摄元堂本对照而尚待进一步考证。
1.3 摄元堂本
摄元堂本为金陵原版于明崇祯十三年(1640年)由程嘉祥氏重印的版本，该版题衔均有剜改，附图改题为“新安婺源县后学程嘉祥集，徽州府儒学廪生程士玉、徽州府欢县门人宋宗殷同校”，其余与金陵本相同[7]。
