在战斗之外，游戏新加入了“派遣军团”系统，能够让玩家图鉴收集、“养殖”、赚钱和练级的效率得到进一步的提升。简单来说，这个系统就是“挂机”，通过系统来给上不了战场的队伍、成员和机体提升等级。玩家可以在结束游戏前挂上成员，然后等一觉醒来之后收发任务。
游戏在《起源》的基础上进一步强化了角色培养，关卡中的 BOSS 和隐藏机体会掉落角色能力。在主界面，玩家也可以针对掉落的能力花钱去装备在合适的角色上。这也让《火线纵横》的缺钱情况，尤甚前作。因此，派遣军团的系统可以使养成更有效率，给玩家提供了一个不那么“肝”的选项。
在《火线纵横》中，关卡中固定人物和机体的“GET槽”是可以继承的。也就是说，玩家可能在《高达W》第一话没有得到飞翼高达，但只要在接下来有飞翼高达参战的关卡，玩家可以继承飞翼高达的 GET 槽，获取机体。这也让游戏近 300 个任务，完成的感觉更为舒心。
整体来看，《火线纵横》完成了更为人性化的改进，让玩家能够更容易接触到开发树和图鉴，也让玩家在练级、赚钱、收集这三个方向上显得更为游刃有余。
罕见的克制关系
游戏区别于《创世》另一个显著的特点就是，《火线纵横》根据参战机体的特性，加入了十分罕见的克制关系，让游戏的系统和内容显得更为丰满。
克制关系主要集中出现在《SEED》和《铁血》两个系列中。《SEED》作品中的 PS 装甲能够有效地防御物理攻击和实弹，这让《铁血》系清一色的“物理攻击”显得颇为无力。《铁血》系机体则对光束武器有着明显的抵消作用，因此游戏中的光束武器在对付起《铁血》机体的时候都显得效率不高。这让这两个作品的机体在对方的关卡中有着出色的站场能力。
《高达W》系列的强力机体都拥有“高达尼姆合金”、《00》系则有 GN 护盾护身。不同作品的机体有着不同的防御体系，各自的特点都相当明显，作品很巧妙地构建了几部作品主角机体的区别，并使其具备了相互克制的关系。
但有些尴尬的是《高达W》，W后期的关卡因为“比尔歌”系列机体的存在，让关卡的难度飙升。“行星防御系统”让光束和实弹射击武器的威力都大幅降低，这让重装高达这种近战能力很弱的机体仅有很小的发挥空间，飞翼高达也得冲到面前用光剑砍，这种感觉让人并不舒适。不过觉醒技能、MAP 武器和游击联攻是无视对方的防御的，还是能稍微抵消一下烦闷的心情。
