肖恩和大卫之间在母星发生的故事，确实是影片最大的谜团，和《普罗米修斯》工程师的秘密一样，这个谜团同样是老雷设计的开放式迷宫，会有很多出口，没有标准答案。
这里我综合全部的资料分析，最后我自己还是没能有一个自洽的答案，那...一个解释不全，就做两个呗。
所以我的第一个脑洞是，以《穿越》草稿剧本为依据，大卫和肖恩来到天堂母星，大卫就把肖恩掐死了，然后大卫到城邦广场投掷了黑水。
投掷完黑水后，大卫显然没办法降落到广场下面的停靠站了，于是大卫不得已在城邦附近的山上迫降了飞船，这也就是契约号船员发现飞船的地方。
之后大卫把肖恩解剖来做人体研究，从而对有机生命体进行各种杂交实验。
而肖恩全息成像唱的歌，其实是在飞船航行期间唱的，大家不要忘了，肖恩有一个习惯，就是录制一些人类讯息，去发送到外太空，想和外星文明接触。
在《普罗米修斯》的番外的体检短片，肖恩和哈罗威，就有录制对造物者想说的话的视频，并发送到外太空，并希望他们能收到。
所以肖恩应该是在飞船还在航行时，录了一首歌发送出去，她希望在航行期间，幸运的遇到人类同胞，因为只要是人类，都对这首《乡村路带我回家》太熟悉了。可惜的是一直没人截取到这个信号。
而到了天堂母星后，有机生命体很快耗尽，大卫的实验停滞，所以大卫利用肖恩当时这段音乐录制，发送到外太空，希望过往的任何飞船能截取到，结果真的被契约号收到了。
有一个细节证据是，全息成像中的肖恩，和《穿越》番外的肖恩穿的是同一件宇航服，所以这也（或许）说明全息成像是在航行中录制的，因为番外后面肖恩换了一件白巨人穿着麻衣，而肖恩被解剖时，也还是那件衣服。
接下来是第二个脑洞，以《契约》原始剧本和小说作为依据。当大卫到达天堂母星后，肖恩并没有被大卫这么快掐死，因为大卫对肖恩还是有“感情”的，于是大卫先投掷黑水，等工程师死绝了，才把肖恩唤醒（或像开头先唤醒再投黑水），懂的人都知道，休眠仓是从外部唤醒的。
在小说中，大卫有把肖恩软禁起来，并声称自己“爱”着肖恩，肖恩当然是拒绝的，而且大卫的终极目标，也还是要把肖恩解剖但不是现在。大卫为了肖恩的存活，或许种植了小麦。当然小麦也可解释为之前白巨人的耕作物或是野生小麦。
