大犬道出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到警察暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫*其顶罪Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当场……
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白后Gin开枪，兰替柯南挡下子。哀震惊不已……
