柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射*大犬后欲*柯南。而对coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽啰大打 出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家Gino的私生子的秘密后自*。Cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。
兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。兰终于在新一的悉心照料下康复。由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一和兰一起前往美国读大学。
妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道科南是新一而故意不说破的真相。夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪……
