然而到了距今900万年的时代，石破天惊，熔岩冲开了地壳，涌溢出近100亿立方米盖在松散的砂砾岩之上，凝成一块，又经过漫长的岁月，冰川移动，地壳升降，洪水冲刷，塌陷者论为沟谷，保留者变成今天一系列平顶山，山势陡峭，顶部坦荡如坻，多呈U形，仿佛是盛满液体的连通品，底部多泉眼。对这种地质构造，有人诗云：青山压砂山，山下有清泉。《宁安县志》对这一带的山川壮丽早有所载。有的“如凤有翼”，有的“形如凉帽"，现在沿下来的"鸡冠稽子”、“一线天”等峰名引人有趣。现在这个主峰是当年喷溢最大的火山口。
如今，四周参天云杉、间以杂树，置身其间，既无山峰的立体感，又不是火山口的表象。当人们到了保护区，进山走了5、6公里会见到一块一块大石头排列着，如事先不有所耳闻，以为这玄武岩是从山峰铺下来，正在修筑的一条盘山公路呢！它蜿蜒伸展，在绿树丛中时隐时现。
但它不是一条公路，踏上玄武岩便知，会看到一股股清澈的泉水在脚下石缝间湍湍流淌，挤出一片片狭小的水面，流出潺潺之声，在阳光下闪闪发光，仿佛声言告诉人们，我是一条河。它就是逐渐被人们所知的玄武河。河面上布满了大大小小的，带有蜂窝的玄武石块。远看，恰如一条黑瀑从天而落，流出18华里。近看，好像披着灰褐色鳞甲门，在青山密林中闪现出没。
最后，牡丹峰之所以称为自然保护区，那里有原始森林，珍鸟异兽，也为数不少。像这样城市的一角具有原始森林在世界上是罕见的。这些资料对于地质工作者是难得的资料，对于游客也是一个偏得，将会成为照亮精神生活的光源。随着时间的转移，科学工作者的考察，美容师用汗水浇灌厖它会发出巨大的魅力。牡丹峰一游，岂不美哉！
