故事主要讲述了偷渡到日本来的东北人铁头（成龙 饰）一心寻找早几年就来到日本的女友秀秀（徐静蕾 饰），结果到了日本后他发现秀秀早已改名结子，成了日本某暴力社团头目江口利成（加藤雅也 饰）的妻子。
此时的铁头就很尴尬，不仅没了指望，也迫于生计在底层打黑工。他投靠了同村好友阿杰（吴彦祖 饰），并结识了香港仔（钱嘉乐 饰）、老鬼（林雪 饰）和太保（连晋 饰）等，这群苦哈哈一边整天为了生计打工，一边还要忍受当地同样身处底层的华人帮派的欺压。
有一天铁头觉醒了，他开始用武力保护自己的同伴，却未曾发现自己和同伴也变成了新的暴力社团，原本只是“不想被欺负”的人们也成了“欺负别人”的人。
这就让引起了当地警方的注意，北野探长（竹中直人 饰）几次三番找到他并警告他，另一边日本帮团也利用中国人之间的矛盾让他们自相残*，最后铁头领了便当。在故事的结尾他随着下水道里的污水飘了出去……
他死在了“自己人”手里。
《新宿事件》里有几处情节值得拿来说一说：
一、通过北野探长的视角，可以清晰地看到铁头是如何从一个偷渡客变成一方“大佬”的。这个视角很有意思，以日本人观察当地华人的眼光打量他们的生活，如同在观察一群生活在角落里的老鼠。是的，这很客观。有一种高高在上的怜悯，但这种感情也同样很客观。
二、阿杰这个人物蜕变的过程让人痛楚，他本是一个单纯善良的男孩子，最大的心愿就是摆一个炒栗子摊，赚点钱和心爱的女孩双宿双栖，但日本人没找他麻烦，日本社会也给予了他生存空间，让他变成“恶魔”的还是中国人。
