1990年，国语专辑《不愿一个人》发行。 同年，写下《亲亲我的宝贝》 《我愿意去等》两首代表作品。获得台湾第一届台湾金曲奖最佳男演唱人奖提名。
1991年，创作《璀璨》《两种》《怕黑》《我不要知道我的未来》，收录于个人专辑《让我欢喜让我忧》。
1992年，成立摆渡人音乐工作室。
1993年，凭借专辑《让我欢喜让我忧》，获得金曲奖年度最佳国语歌曲演唱人奖。 同年参加电影《超级计划》演出。
1994年，《今夜阳光灿烂LIVE》CD、LD发行。再度受邀演唱台湾省区运会主题曲《海阔天空》。同年《风雨无阻》国语专辑发行。 9月底，首度在香港红磡体育馆举办三场个人演唱会。
周华健
1994年11月，亚洲巡回演唱会于新加坡闭幕。《今夜阳光灿烂》亚洲巡回演唱实况录影带，两卷一套发行。同年参与拍摄电影《等爱的女人》。12月参加亚洲音乐祭与日本知名乐团THEBO同台演出。为杨佩佩版《倚天屠龙记》创作主题曲《刀剑如梦》，为电视剧《侠义见青天》创作主题曲《英雄泪》。并且创作《的确比他好》《海阔天空》《难兄难弟》，收录于个人专辑《风雨无阻》。
1995年，发表《谁懂我的心》以及《不愿一个人》，收录于同名个人专辑中。同年，为无线剧集《武当张三丰》创作主题曲《风笑痴》。为电影《天生一对》创作主题曲《新天长地久之男大当恋女大当爱》。为电视剧《孤星情仇》创作主题曲《为爱情受伤》。为无线剧集《神雕侠侣》创作主题曲《神话情话》，获选当年香港无线电视十大劲歌金曲最受欢迎合唱歌曲铜奖。
1995年，《我愿意去等》国语专辑发行。在台北、彰化、高雄、吉隆坡、新加坡举办天下有情人演唱会。同年参加琉球民族音乐祭演出，首度发表《爱相随》。
1996年，《爱的光》国语专辑发行。同年《小天堂》国语专辑发行。以最高票当选亚特兰大奥运圣火传递·台湾区明星代表。
1997年，主持香港无线电视《慈善星辉仁济夜》。同年客串演出张扬执导的电影《爱情麻辣烫》。发行专辑《朋友》。
1998年，摆渡人录音室成立。 应侨社之邀赴加拿大温哥华义演。同年个人专辑《有故事的人》出版。
1998年，为成龙电影《我是谁》制作电影音乐，为电视剧《平安事务所》主题曲填词并演唱。同年凭借歌曲《最近比较烦》，获得1998年香港电台十大中文金曲国语歌曲铜奖。[7]
2000年，为新加坡肾脏基金会演出创作主题曲《花花世界》。
2002年搭档黄文永领衔主演电视剧《跑吧孩子》，在影片中饰演一位警察。
2003年在陈俊良执导的科幻剧《第八号当铺》中饰演当铺前任老板一角。
周华健
2006年，在上海举办了华健20周年演唱会。
2007年，担任“奥运志愿心乐团”的荣誉团长，由他亲自作曲、作词人林夕填词的北京奥运志愿者之歌《我是明星》让更多的人加入到了北京奥运会志愿者的行列。同年，为电影《欣月童话》创作主题曲《圆一个梦》。
2008年受邀参加北京奥运会闭幕式演出，与成龙，刘德华等合唱闭幕式主题歌《难说再见》。 同年创作联想奥运火炬接力主题曲《圣火传奇》，独唱版收录于滚石合辑《一起飞》。 与罗大佑、李宗盛、张震岳组成“纵贯线Super Band”乐团，共同创作乐团专辑《全线通车》。
2009年，担任台湾爱盲基金会公益大使， [9]并为台湾首部低视能记录片《微光》创作《圆一个梦》。同年，与李玖哲及Machi弟弟周立铭共同为丁当新专辑《夜猫》创作《突然想爱你》，由周华健和丁当合唱，被选为台湾三立电视台经典偶像剧 《下一站，幸福》 片尾曲。
2010年，与罗大佑、李宗盛同时入围中国原创音乐流行榜最高音乐成就奖，为对手李宗盛所败。同年演唱电影《印象大红袍》的主题曲《红》。
