1614年，势均力敌的两大忍术宗家——甲贺流与伊贺流，在权力与政治的挑拨之下，撕毁了不战条约“不战条约”，水火不容的两大忍术宗家由此开始了互相撕*。
两家各派出十名身怀绝技的忍者，互相残*直到仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象可成为下一代将军。
其中甲贺弦之介（甲贺首领）与伊贺胧（伊贺首领）在战前是青梅竹马两情相悦的情侣，两方势力之间的一些成员也有着复杂的感情纠葛。但在命运的驱使下，他们仿佛成为了被丝线牵引的木偶，必须摒弃所有感情，展开一场血腥残酷的厮*。
作为一部描写忍者之间真实生存现状的动漫，刨去忍者们闪瞎眼球的浮夸的技能设定，在《甲贺忍法帖》的世界里，*戮与死亡随处可见。
不存在遁逃，不存在开挂，该死就死，绝不玩虚的。胜负全凭实力，信念，谋略，还有一点点运气。
